Такой взрыв открытой борьбы против католицизма вызвал репрессии властей против реформационных проповедников. Многие из них были вынуждены искать прибежище на юге Германии — в Страсбурге, одном из главных центров реформационного движения, а также в Констанце, Ульме, Меммингене. В 1523—1529 гг. в этих и других городах региона получило распространение цвинглианство. В швабских городах учение Цвингли соперничало с лютеранством. Важным результатом развития городского реформационного движения стало постепенное втягивание в борьбу сельского населения, поначалу в окрестностях небольших городов, особенно тесно связанных с деревней. Тем самым ширилась массовая основа Реформации.
Довольно умеренный тип реформирования осуществили магистраты многих верхнегерманских городов. Здесь городские власти стремились вести осторожную политику постепенных церковных преобразований, ограничиваясь сначала превращением клириков в рядовых бюргеров. В ряде имперских городов юго-западной Германии, входивших в Швабский Союз (Ульм, Мемминген), общины и магистраты взаимодействовали в осуществлении Реформации. Сама община определялась как христианский мир малых размеров, а ее сакральный характер служил обоснованием для вмешательства в церковное управление. Именно община начала движение за церковное обновление и поддерживала магистраты.
В июле 1524 г. в Шпейере собрались представители реформированных городов на съезд. В ответ в конце 1524 г. появился Бургосский эдикт Карла V, который требовал у городов соблюдения Вормского эдикта под угрозой отлучения. Большая заслуга в обосновании общинного права на церковную реформу принадлежала нюрнбергскому реформатору Лазарусу Шпенглеру. Он настойчиво проводил мысль, что император не вправе вмешиваться в духовные дела, что реформа церкви — воля всей общины и что к смуте ведет не Реформация, а сопротивление ей со стороны церковных институтов. Таким образом, воля общины стала высшим аргументом в проведении городской Реформации.
В развитии Реформации важной вехой стал 1526 г., когда по решению Шпейерского рейхстага имперские чины получили возможность до церковного собора действовать в религиозных вопросах по своему разумению, «как если бы они были ответственны только перед Богом и его императорским величеством». Выполнение Вормского эдикта стало необязательным. Евангелические князья и города, принявшие Реформацию, использовали это для укрепления своих позиций.
В 1529 г.
Замысел ландграфа не удался: отныне Лютер энергично выступал против Цвингли и его сторонников, добиваясь вытеснения цвинглианства из городских общин Верхней Германии, но это произошло уже после гибели Цвингли. В 1536 г. на основе разработанного Меланхтоном «Виттенбергского согласия» в городах Верхней Германии утвердилась лютеранская трактовка Реформации. Годом ранее съезд в Гамбурге закрепил успехи лютеранства и в городах Ганзейского союза.
Изгнание городским советом «цвиккауских пророков» во главе с Н. Шторхом дало толчок распространению анабаптизма в Германии. Сторонники сектантского учения попытались осуществить свою реформацию в Виттенберге (1522) и целом ряде других городов, однако сколько-нибудь существенных успехов не достигли. Наиболее известным актом анабаптистской Реформации стала организация Мюнстерской коммуны в 1534—1535 гг. после победы на выборах в городской магистрат анабаптистов, опиравшихся на городские низы. Мюнстер был объявлен «Новым Иерусалимом», т. е. центром «царства Божия». Преобразования, проведенные в Мюнстере анабаптистами во главе с выходцем из Нидерландов Иоанном Лейденским, заключались в проведении принципа уравнительства в распределении и в учреждении неограниченной монархии, теократического режима личной власти Иоанна Лейденского. Руководители анабаптистов ввели в городе полигамию (ссылаясь на тексты Ветхого Завета). В июне 1535 г. в итоге 16-месячной осады Мюнстер был взят противниками анабаптизма и совершенно разгромлен. Победители не щадили ни женщин, ни детей. Вожди коммуны, в том числе и Иоанн Лейденский, были казнены после жесточайших пыток. После этого движение анабаптистов раскололось на многочисленные секты и пошло на спад.