Крестьянская война, которую современники образно назовут «потопом», началась в Южном Шварцвальде и в Верхней Швабии. Здесь летом-осенью 1524 г. крестьяне предъявили своим господам несколько «постатейных» жалоб, в которых содержались требования ограничения господского гнета. В конце 1524 г. в Верхней Швабии появилась и первая программа Крестьянской войны — «Статейное письмо». В программе предлагалось для «освобождения» «простого бедного человека» от тягот духовных и светских господ создать «христианское объединение», не прибегая к кровопролитию. К тем же, кто отказывался примкнуть к «объединению», применялось «светское отлучение» — своеобразный бойкот, когда всем людям вменяется в обязанность «не иметь и не поддерживать никакого общения с отлученными». Авторы «Статейного письма» стремились к воплощению в жизнь идеальной общинной модели (крестьянской), основанной на исполнении заповедей Христа о братской любви.
В марте 1525 г. в Верхней Швабии, близ городов Ульма, Кемптена, Меммингена, образовались крупные отряды крестьян. Руководители этих отрядов в своем большинстве, придерживались мирной тактики, добиваясь лишь смягчения феодального гнета и отмены личной зависимости. Активизировали свою деятельность и крестьянские ландштанды. Под Фрайбургом на ландштандах избирались должностные лица («капитаны», «прапорщики», «фельдфебели»), которым подчинялись все способные носить оружие крестьяне.
В начале марта 1525 г. три главных отряда Верхней Швабии создали в городе Меммингене «Христианское объединение» и заключили перемирие со Швабским союзом. Именно тогда руководители этих отрядов составили самую известную программу Крестьянской войны —
«12 статей» получили большое распространение среди крестьян (были напечатаны за время Крестьянской войны 25 раз) и стали подлинно народной программой. Несмотря на постоянную апелляцию к авторитету Евангелия, «12 статей» зафиксировали в большей степени материальную трактовку крестьянством Реформации. В связи с этим, видимо, можно говорить об особом типе народной Реформации, которая понималась как стремление к материальному и социальному благополучию. С точки зрения крестьянского сознания XVI в. данную программу нельзя назвать умеренной. В пределах крестьянской системы ценностей предполагалось существенное изменение социального режима: вместо личной зависимости от господ личная свобода, снижение и нормирование ренты, справедливый суд, укрепление автономии общины и т. д.
Восставшие крестьяне рассматривали наличие земельного имущества у церкви как противоречащее «Божьему праву», поэтому в конце марта 1525 г. в Верхней Швабии они захватили ряд монастырей и начали требовать раздела монастырского имущества. В ответ войска Швабского союза, руководимые трухзесом (стольником) Георгом фон Вальдбургом, нарушили перемирие с восставшими крестьянами и напали на них. Георг фон Вальдбург, встретивший ожесточенное сопротивление в некоторых районах (прежде всего, в горных), был вынужден перейти к позиционной войне. Его спасла, однако, несогласованность действий крестьянских отрядов: некоторые из них вновь пошли на переговоры и заключение перемирия («Вейнгартенский договор» Георга фон Вальдбурга с крупнейшим отрядом крестьян в 12 тыс. человек). В итоге к концу апреля 1525 г. основные силы верхнешвабских крестьян были разбиты, после чего трухзес получил возможность направить свои войска во Франконию и Тюрингию.