Постановления Тридентского собора положили начало реформам католической церкви. Реформы преследовали цели повышения ее авторитета и влияния в обществе. Собор принял решение о реформе управления духовенством, которая предусматривала усиление епископского надзора за клиром, реорганизацию соборных капитулов, монашеских орденов, устанавливались санкции против злоупотреблений и распущенности духовенства. В каждой епархии учреждались семинарии для пестования молодых священников и повышения образовательного уровня католического духовенства, представители которого слишком часто проигрывали в теологических спорах с протестантскими проповедниками. Упорядочивалось управление церковным имуществом, воспрещались торговля духовными должностями и вымогательства, отменялась практика торговли индульгенциями. Вводилось единообразие в католическую литургию, исправлялись богослужебные книги и обряды.
Проведя реформы, римско-католическая церковь с середины XVI в. взяла курс на повсеместную реставрацию католицизма. В Германии католическая церковь опиралась на различные социальные группы: в верхненемецких княжествах — на княжеские администрации, в рейнских землях — на влиятельные силы в среде горожан. Сторонники католицизма вели широкую письменную и устную пропаганду среди населения, возобновляли, где оказывалось возможным, отправление богослужения и обрядов римской церкви. Реформированная католическая церковь, опираясь на букву Аугсбургского религиозного мира о праве государя определять вероисповедание подданных, добивалась восстановления католицизма в полном объеме. Во второй половине XVI в. в Германии активно развернул свою деятельность орден иезуитов. Довольно скоро им удалось утвердиться в католических землях, особенно в Баварии. Представительства ордена появились также в Кёльне, Трире, Диллингене, Майнце, Браунсберге, Мюнхене. Одним из главных оплотов католицизма в Германии стал университет Ингольштадта, попавший под влияние иезуитов в начале 1550-х годов. Со вступлением на императорский престол в 1576 г.
Тем не менее успехи реформированной католической церкви в Германии были гораздо скромнее, чем в Южной Европе. Католицизм, укрепившись на юге Германии, так и не смог вернуть в лоно единой церкви большинство князей и их подданных на севере страны. Более того, в последней трети XVI в. протестантизм завоевывает новых сторонников в германских землях. Особенно впечатляющим было распространение кальвинизма. В то время как ортодоксальное лютеранство тратило силы в теологических дискуссиях, кальвинизм предложил подлинное развитие реформационной мысли и энергичное воплощал новые идеи на практике.