Представление об общих принципах организации реформатской церкви дает пример курфюршества Пфальц. Как и в лютеранской Саксонии, курфюрст возглавлял церковное управление, осуществляя верховный надзор за нижестоящими органами, финансовыми расходами. Центральное место в руководстве церковными учреждениями было отведено церковному совету. В его распоряжении был институт инспекторов для визитаций всех нижестоящих подразделений. Посредническую роль выполнял конвент, представители которого инспектировали приходы и в случае необходимости подавали апелляции. Также церковный совет назначал священников и учителей в приходы. Совет пресвитеров участвовал в выборах пресвитеров и сборщиков подаяний в каждом приходе. Отлаженный механизм церковного управления, по мнению германских историков, оказал влияние на развитие государственного аппарата и княжеского абсолютизма.
В кальвинистских княжествах секуляризация имела наиболее законченный вид. Церковное имущество укрепило материальную базу княжеской власти, использовалось для содержания чиновников, армии, школ. В полной мере реализовало себя в данных регионах иконоборческое движение. Огромное влияние на паству кальвинисткой церкви строилось на полном подчинении личности верующего. Аскетический кодекс нравственности и жесткая морализация семейно-брачных отношений способствовали сокращению внебрачных связей, внебрачных рождений. Кальвинисты наиболее последовательно вели борьбу с магией» культами святых и другими проявлениями народной культуры. Они настаивали на безусловном следовании Библии. Христианско-просветительская деятельность кальвинистской церкви (наряду с лютеранской и реформированной католической) позволила французскому историку Ж. Делюмо высказать мысль о том, что «подлинная» христианизация была осуществлена только в конце XVI — XVII в. Борясь с суевериями, протестантская церковь стала накладывать ограничения и даже запрещать праздники. Наряду с культом труда в кальвинистской этике это послужило одной из причин отмены всех праздников, кроме воскресных дней.
Кальвинистская конфессионализация имела свои особенности. Главной формой ее утверждения стала княжеская Реформация. Распространение кальвинизма почти повсеместно происходило на бывших лютеранских территориях. Социальный базис реформатской церкви был узок в большинстве территорий Германии. В ряде регионов кальвинизм встречал яростный отпор лютеранского населения, что вынуждало княжескую власть искать компромисс с лютеранскими общинами. В Бранденбурге в 1614 г. после объявления о принятии кальвинизма Иоганном Сигизмумдом вспыхнуло восстание в Берлине. Князь был вынужден торжественно обещать ландтагу не навязывать реформатскую доктрину. В результате в Бранденбурге утвердилась биконфессиональная форма: князь и его окружение были кальвинистами, а подавляющая часть населения сохранила верность лютеранству.
Реформы католической церкви дали несомненный эффект. Сократились и были упорядочены выплаты в пользу церкви. Большая часть сборов оставалась в приходе, верующие могли видеть, на что тратились средства. Появляется новый тип приходского священника, уровнем жизни и образованием, равно как и манерой поведения, резко выделявшегося из своего сельского окружения. Католицизм перестал ассоциироваться с образом малограмотного и невежественного священника. Создание широкой сети образовательных учреждений, в том числе и иезуитских» внимание к качеству образования позволили католической администрации найти немало новых сторонников и распространить католическую догматику.
Католическая формула коллективного спасения более соответствовала ценностным ориентирам традиционного крестьянства, чем протестантский догмат о спасении индивидуальном. Поэтому католический культ имел прочную основу именно в деревне. До мирян доносилась формула исповедания католической веры посредством каждодневной просветительской работы священников, утвержденная Тридентским собором. Сохранение культа святых оставило своеобразную нишу для сельского политеизма. Однако и обновленная католическая церковь ограничивала народные праздники.
Территории с преобладающей религией:
Конфессиональные границы в Священной Римской империи германской нации накануне Тридцатилетней воины