Ведущим имперским учреждением оставался рейхстаг. Совместно с императором рейхстаг сыграл важную роль в стабилизации отношений в рамках империи. Для второй половины XVI в. были характерны частые созывы рейхстага, эффективность работы которого, в первую очередь, заключалась в нахождении компромиссов по рассматриваемым вопросам. Так было, во всяком случае, до конца XVI в., пока религиозное противоборство князей в правление императора Рудольфа II не парализовало работу имперских учреждений.
Во второй половине XVI в. произошли существенные изменения в раскладе сил в рейхстаге. В результате Реформации резко усилились позиции княжеских фракций: коллегии курфюрстов, княжеской и графской курий. К концу XVI в. оформилась и отдельная фракция имперского рыцарства. В этой ситуации мнение городов все реже учитывалось при решении ключевых проблем. Во-первых, статьи Аугсбургского мира давали свободу действий князьям и имперским рыцарям, поскольку в имперских городах зачастую закреплялся паритет между конфессиями. Во-вторых, представители городов в отличие от князей, порой самостоятельно определявших вероисповедание своих подданных, вынуждены были оглядываться на мнение всех конфессиональных партий. В-третьих, происходило усиление олигархического начала в рейхстаге, так как императору, стремившемуся найти компромисс между католиками и протестантами, в первую очередь приходилось добиваться согласия ведущих князей империи (курфюрста Саксонии, курфюрста Пфальца, герцога Баварии).
Параллельно с рейхстагом на основе статей Аугсбургского мира был создан еще один орган сословного представительства — съезд имперских депутатов. Он предполагался как более мобильный и эффективный орган контроля за соблюдением мира в империи. На заседаниях съезда, как правило, велись предварительные переговоры по вопросам, которые затем обсуждались на рейхстаге. В частности, рассматривались проекты имперской монетной реформы, имперского уложения о поддержании порядка, реформы и визитации камерального суда и др. В состав съезда входило 16—20 членов, представлявших все имперские округа, но реально большинство голосов было за имперскими князьями, что «превращало съезды в настоящие ассамблеи княжеской олигархии» и вело к дальнейшему укреплению прерогатив княжеской власти.
Третьим по важности общеимперским органом являлся имперский камеральный суд, заседавший в Шпейере. Согласно положениям Аугсбургского мира, он превращался в главную судебную инстанцию империи при спорах и исках представителей католической и лютеранской конфессий. Суд основывал свою деятельность на юридическом подходе, что позволяло достигать решений на сугубо правовой основе в тех случаях, когда истец и ответчик принадлежали к разным вероисповеданиям. Организация судопроизводства и процедура принятия решений основывалась на принципах равенства (сенат камерального суда состоял наполовину из католиков, наполовину из лютеран). Авторитет суда был довольно высок. Так, за период его работы с 1559 по 1589 г. было опротестовано только семь приговоров.
Продолжали функционировать и другие имперские институты (визитационная комиссия, имперские округа и имперские окружные съезды, имперские надворные и тайные советы). В целом же до конца XVI в. структуры империи были устойчивы и осуществляли свою деятельность на условиях конфессионального и политического согласия. Однако при этом нельзя переоценивать степень централизации империи. Ее стабильность была результатом не только эффективной деятельности имперских учреждений, но и активно осуществляемой князьями, при попустительстве императора, политики по укреплению собственной власти. К тому же усиление централизации в княжествах и концентрация основных ресурсов в руках князей вызвали обострение религиозных противоречий между католиками и протестантами на рубеже XVI—XVII вв. Агрессивная политика князей в отношении своих религиозных оппонентов, однозначность решений императора в пользу католиков, складывание союзов на конфессиональной основе подорвали авторитет имперских структур в начале XVII в. и привели к их параличу. Поэтому решающее значение для политического развития германских земель играли процессы, происходившие на уровне княжеств.
Процесс территоризации и начало становления княжеского абсолютизма