В середине и второй половине XVI в. продолжается процесс территоризации, который сыграл ведущую роль в становлении княжеского абсолютизма. Он включал в себя создание территориального единства и концентрацию всех видов власти в руках князя, утверждение его суверенного права решать вопросы войны и мира, распространение на всей территории его права высшей юрисдикции. Князья «округляли» свои территории посредством скупки мелких сеньорий, наступали на владельческие права, ограничивали юрисдикцию различных светских и духовных феодалов, мелких имперских чинов, городскую автономию, стремясь превратить население подвластной территории в однородный слой подданных, обязанных государству выплатой налогов и службами. Для увеличения территории княжеств использовались и династические браки. Так, браки между членами семей бранденбургского курфюрста Иоахима III Фридриха и прусского герцога Альбрехта Фридриха привели в 1618 г. к присоединению Пруссии к Бранденбургу.
Территоризация проходила рука об руку с конфессионализацией. Князья, используя как повод религиозные конфликты, захватывали новые территории и устанавливали политический и церковный контроль над ними. Наиболее масштабные аннексии осуществили баварские герцоги и бранденбургские курфюрсты. Реформация в целом укрепляла позиции княжеской власти и способствовала складыванию новых форм государственности. В протестантских землях постепенно утверждается новая концепция всеобщего подданства: светский князь становился и духовным главой подданных. Кроме того, секуляризация расширила финансовые возможности княжеской власти.
Длительный процесс превращения сословий в княжеских подданных в XVI в. еще был далек от своего завершения. Сохранялись многочисленные элементы средневековой государственности: неразделенность в большинстве княжеств дворцового и территориального управления, земской и княжеской казны. Сохранялось ленное рыцарское войско, государственные налоги переплетались с традиционными формами феодальных поборов и повинностей (строительство укреплений, извоз, обеспечение войска продовольствием и т. п.). В курфюршестве Трирском мелким имперским чинам удалось сохранить статус имперского подчинения. Право освобождения своих владений от княжеских налогов отстояла знать в Бранденбурге.
XVI—XVII вв. — время становления княжеского абсолютизма в Германии. Он был обусловлен процессами модернизации, затронувшими и сферу политики. Социально-экономические и религиозные изменения сделали неэффективной средневековую систему управления. Феодальное рыцарство уже не могло играть роль опоры княжеской власти. Вассально-ленные связи разрушались, унося за собой в прошлое и старые принципы управления. Традиционные виды ренты не удовлетворяли увеличивавшиеся запросы князей. Слабость императорской власти и Реформация позволяли князьям с оглядкой на мнение сословных органов идти по пути «наращивания» собственных привилегий.
Таким образом, изменившаяся ситуация требовала от князей использования новых инструментов власти. Князь вынужден был учитывать влияние экономически и социально активных предпринимательско-бюргерских слоев и в какой-то мере опираться на них. Их сравнительное финансовое благополучие и упадок рыцарства заставляли князей отказываться от ориентированных только на запросы феодалов действий. Учитывая, что в княжеских доходах немалое место занимали поступления от промышленности и торговли, князья шли на проведение политики меркантилизма. Под воздействием сословных изменений укреплялась идея подданства, всеобщей зависимости от княжеской власти. Реформация, давшая в руки князя инструменты церковного влияния, закрепляла эту зависимость в духовной форме.
Новая организация центральной власти базировалась на упорядоченной системе финансов, налогов, на новом аппарате управления. Создавались институты административного контроля, армия, полицейский аппарат и уголовное право. Компетенция органов сословного управления ограничивалась, постепенно они подчинялись и включались в состав административно-территориальных бюрократических институтов. Особенно выраженным это развитие было в крупных территориальных княжествах: Саксонии, Баварии, Бранденбурге. В XVI в. намечается постепенное разделение компетенции и функций между территориальным управлением и княжеским двором. В Саксонии в 1548 г. из княжеской придворной курии выделилось земское правительство во главе с канцлером. Аналогичный процесс наблюдался в Баварии.