Крупные города играли главную роль в хозяйственной жизни и быстро превращались в торгово-промышленные центры нового типа. В течение XVI в. продолжался стремительный рост Аугсбурга, ставшего центром мирового значения. Здесь были самые значительные в Европе банкирские дома, финансировавшие не только крупные торговые операции, но и европейских монархов. В западной части германских земель Франкфурт-на-Майне стал центром общегерманских и международных ярмарок. На востоке в крупный экономический центр вырос Лейпциг. Среди новых форм организации торговли необходимо выделить магазинную и розничную торговлю вразнос, особенно в сельской местности. Развитие этих видов региональной торговли — один из характерных симптомов ее общей переориентации на товары широкого потребления.
Постепенная переориентация европейской торговли на атлантический рынок, изменение характера морской торговли, в которой стали преобладать предметы первой необходимости и сырье, — все это предъявляло новые требования к кораблестроению. Меняется тип судов, увеличиваются их скорость, надежность, грузоподъемность. В судостроении рано утвердился купеческий капитал, получили распространение предпринимательство и рассеянная мануфактура. На верфях Гамбурга, Любека и Данцига — крупнейших в XVI в. на севере Европы — совершенствовалось такелажное и парусное оснащение судов, осваивалась конструкция небольших и маневренных бойеров. Среди германских центров морской торговли по-прежнему ведущая роль принадлежала Ганзе, которую, однако, в последние десятилетия XVI в. на Балтике потеснили английские и голландские торговые компании. Несмотря на постепенный упадок Ганзы как торгового союза, ряд крупных ганзейских городов, имевших прочные континентальные экономические связи (например, Гамбург), переживали подъем.
Развитию сухопутных средств коммуникаций способствовали замена дискового колеса более легким, с металлическими спицами, и изменение системы упряжи, позволявшей теперь перенести нагрузку с шеи животного на его плечи, что увеличивало силу тяги втрое. К организации фрахта обращаются купеческие фирмы, которые обеспечивали, в частности, движение грузов из Северной Италии через альпийские перевалы в Германию и дальше. На большинстве освоенных торговых путей были многочисленные постоялые дворы с огромным штатом людей, обслуживавших купцов и возчиков товаров.
В практику немецкого купечества внедряются сложившиеся в Италии методы ведения торгового предприятия и организации кредитного дела, прежде всего «двойной бухгалтерии» — разносторонней и всеобъемлющей системы бухгалтерского учета и руководства делом. В течение XVI в. они совершенствовались, появились приходно-расходные, вексельные, процентные книги; развивалась система факторий, контор в ярмарочных центрах не только в своей стране, но и за ее пределами, формы безналичного расчета (вексель). В XVI в. немецкие купцы по образцу антверпенских, практиковали специальные встречи для обмена товарами (первые «товарные биржи»): с 1553 г. — в Кёльне и в Гамбурге, с 1559 г. — во Франкфурте-на-Майне. В Гамбурге (1618) и Нюрнберге (1621) появляются первые банки депозитно-обменного характера.
Сельское хозяйство, за исключением некоторого спада производства в отдельных районах Германии в 40—50-х и 80—90-х гг. XVI в., развивалось в условиях благоприятной конъюнктуры: цены на зерно, технические и огородные культуры, вино, пиво росли вплоть до 1640 г. За 120 лет (XVI — начало XVII в.) цены на рожь увеличились в 3,5 раза. Несмотря на то что рабочий инвентарь и методы агрикультуры не претерпели серьезных изменений в период с 1500 по 1650 г., структура выращиваемых культур существенно изменилась под влиянием потребительских импульсов. Довольно значительным оставался традиционный сектор, включавший неспециализированные и не связанные с рынком крестьянские хозяйства, а также имения феодалов, в которых рента оставалась основным экономическим инструментом. Однако в целом развитие рыночных связей, изменившиеся стандарты жизни, инфляция (1—1,5 % в год) при фиксированной сумме крестьянских платежей постоянно снижали доходы феодалов и вели к внедрению новых форм поземельных отношений.