Непосредственно осуществлением реформы в 1808—1810 гг. занимался министр образования
В 1812 г. ситуация в Европе стала быстро изменяться, что было связано с вторжением Наполеона в Россию. В рядах «великой армии» находились 23 тыс. саксонцев, 30 тыс. баварцев, 6 тыс. баденцев и т. д. В войне против России обязаны были участвовать и Австрия с Пруссией, выставившие по 20 тыс. солдат.
Разгром «великой армии» в России привел к отказу Пруссии от союза с Наполеоном и сближению с Россией. Уже в декабре 1812 г. генерал Л. фон Йорк, командовавший прусскими войсками в составе наполеоновской армии, отделился от французов и по собственной инициативе заключил с русским генералом И. И. Дибичем Таурогенскую конвенцию. Согласно этому документу прусские войска, действовавшие в Прибалтике, отступали в Восточную Пруссию и оставались нейтральными вплоть до решения прусским правительством вопроса о союзе с Россией. Фридрих Вильгельм III в тот момент считал Наполеона еще очень сильным, поэтому заявил публичный протест против Таурогенской конвенции и отстранил Йорка от командования. Однако Восточная Пруссия уже пришла в движение. В Кёнигсберг из России прибыл бывший прусский министр Генрих Штейн, который тоже по своей собственной инициативе объявил о призыве в ландвер и о создании ландштурма. Штейн и Йорк призвали немецкий народ к войне против французов. Так началась освободительная война в Пруссии.
Национальное воодушевление, охватившее общество, приток добровольцев в прусскую армию, давление со стороны военных, особенно реформаторов, заставили прусского короля изменить позицию. В начале февраля он отправил своего специального представителя в ставку российского императора в Калиш для переговоров о союзе. В результате 16 февраля 1813 г. был подписан
Российско-прусский союзный договор заложил основы шестой антифранцузской коалиции. Через месяц, 16 марта, прусский король объявил войну Франции. На следующий день он обратился к населению Пруссии с воззванием «К моему народу», в котором призвал подданных к восстанию против Наполеона. Тем самым была установлена связь короны с патриотическим движением. Немецкое национальное восстание охватывало в основном территорию Пруссии. В государствах Рейнского союза население сохраняло лояльность Наполеону. Локальные волнения имели место в Берге и Вестфалии, но они были быстро подавлены.
Число участников шестой коалиции росло. К России и Пруссии присоединились Англия и Швеция. Скорость падения наполеоновской империи во многом зависела от позиции Австрии. После некоторых колебаний в августе 1813 г. она присоединилась к коалиции. 16—19 октября 1813 г. под Лейпцигом произошло самое крупное и кровавое сражение наполеоновских войн.