После Февральской революции в мае 1917 года вернулся в Россию через территорию Германии, по утверждению В. М. Чернова - «в пломбированном вагоне». Возглавил левое крыло партии эсеров. Открыто поддерживал Ленина и большевиков. Поддержал Октябрьскую революцию, вызвав тем самым раскол в партии эсеров. В ноябре 1917 года инициировал создание особой Партии левых эсеров. На первом съезде партии был избран в Президиум, а затем и в ЦК новой партии. Поддержал разгон большевиками Учредительного собрания, большинство мест в котором досталось правым эсерам во главе с Черновым. В 1918 году после Лево-эсеровского мятежа остался верен союзу с большевиками и вошел в отколовшуюся от левых эсеров Партию революционного коммунизма. Был членом Президиума ВЦИК. Но раньше других понял, что дни эсеров сочтены. В 1919 году, незадолго до своей смерти бежал в Швейцарию из-за боязни ареста. «С Лениным у меня полный разлад. Ленину я больше не верю», - говорил он своим близким.
Судьба Натансона типична для многих евреев, пришедших в революцию в 60-х годах XIX века, хотя после октябрьского переворота большинство евреев России, точнее сказать, еврейский средний класс и беднота все же пошли, о чем будет речь дальше, за большевиками. Далеко не всегда интернационализм, обязательный для революционеров, прежде всего коммунистов, брал верх над еврейством у тех, кто принялся разрушать старый мир, а вместе с ним и Россию. Даже «вождь Октябрьского переворота» Лейба Троцкий публично признал, в октябре 1919 года: «Среди немалочисленных евреев-коммунистов последнего призыва есть немало таких, коммунизм которых исходит не столько из социального, классового, сколько из национального источника» (см.: Л. Троцкий «Как вооружалась революция. (На военной работе)», т. 2, кн. 1. - М., 1924, с.105). И если б только тогдашнего последнего, т. е. послереволюционного призыва!
Того же Натансона обвиняли в потере классового чутья на национальной почве, припомнив ему, как он упорно продолжал защищать Азефа, даже когда уже всем стало ясно, что мастер террора Евно был агентом-провокатором царской охранки. У Овсея Зиновьева еврейство проявилось не только в самый последний момент, когда он вспомнил перед расстрелом еврейскую молитву. После захвата власти большевиками Овсей Аронович на все посты в Петрограде и в питерской ЧК назначал одних евреев, против чего возражал даже Троцкий. Аксельрод, Мартов и Дан, например, фактически стали на позиции еврейских националистов, поддержав претензии Бунда на исключительное право представлять евреев в РСДРП. Каменев вместе с Дзержинским и Зиновьевым активно сопротивлялись запрету сионистских организаций в СССР. Я уже не говорю о постоянных ленинских противопоставлениях еврея «русскому дураку». Все это было. И, тем не менее, подчеркнем, что в большинстве своем евреи-революционеры в России вышли из русского революционного движения, как и их лидеры, а не из международного сионистского движения.
Другое дело, что некоторые из них к сионистам окончательно и уже открыто присоединились потом. В этом отношении типична судьба товарища Натансона по партии эсеров Петра (Пинхаса) Моисеевича Рутенберга (1878-1942), активного участника русских революций 1905 и 1917 гг., который впоследствии стал одним из руководителей сионистского движения. Как и Натансон, Рутенберг происходил из богатой еврейской семьи. Отец был купцом 2-й гильдии, мать - дочерью кременчугского раввина Пинхаса Марголина. Рутенберг получил традиционное еврейское образование в иешиве, изучал священное писание и еврейские законы, был то, что называется талмид-хахамом, но к сионизму поначалу относился безразлично. А вот к идее народничества он пришел во время учебы в Петербургском технологическом институте. Там он сблизился с социал-демократами, но с возникновением партии эсеров, вступил в нее. Он был знаком со многими маститыми террористами того времени с такими, как Вено Юзеф, Григорий Гершуни, Иван Каляев и с другими, хотя сам в боевой организации эсеров не участвовал.