После гомельских событий, наглядно продемонстрировавших силу еврейской самообороны, ее число и активность значительно возросли. По данным партии Поалей Цион в 1905-1906 гг. в разных городах России в группы самообороны входило около 8 тысяч членов этой партии. Во время революции 1905 года Бунд создал свои отряды самообороны, которые насчитывали несколько тысяч человек. В 1904 г. в Двинске (см. Даугавпилс) вооруженная группа бундовцев, которой руководил Мендель Дейч, отразила нападение погромщиков на еврейские кварталы. В Одессе в ряды самообороны вступили несколько тысяч человек, в Киеве - около полутора тысяч; крупные организации самообороны действовали также в Екатеринославле, Ростове-на-Дону, Елисаветграде, Николаеве, Минске, Варшаве. Еврейская самооборона энергично действовала в период революции 1905-1907 гг. В апреле 1905 г. вооруженные группы еврейской молодежи разогнали погромщиков в Мелитополе и Симферополе, в июле - в Екатеринославле. Во время погрома в Житомире (апрель 1905 г.) власти двинули против самообороны войска; в уличных боях, продолжавшихся четыре дня, погибли пятнадцать ее участников, в том числе русский студент, эсер Н. Блинов, который был растерзан толпой, кричавшей: «Хоть ты и русский, но сицилист и хуже жидов, пришел на защиту их».
В октябре 1905 г., когда кровавые погромы охватили многие губернии России, как в черте оседлости, так и за ее пределами, в 42 населенных пунктах действовали организации самообороны; 30 из них приняли непосредственное участие в борьбе с погромщиками. В Киеве еврейские боевые группы упорно сражались с погромщиками, несмотря на то, что на стороне последних с самого начала выступили казаки; половину убитых в ходе столкновений и умерших впоследствии от ран составили участники погрома. В Екатеринославле бойцы еврейской самообороны уничтожили сорок семь погромщиков. В Полтаве благодаря решительным действиям отряда Поалей Цион во главе с И. Бен-Цви в 1905-1907 гг. не было ни одного погрома. В июне 1906 г. произошел погром в Белостоке, участниками которого были почти исключительно солдаты и полицейские. Однако и они не решились вступить в открытый бой с самообороной, избегая тех улиц и районов (в основном населенных еврейской беднотой), где самооборона была особенно сильна. С поражением революции 1905-1907 гг. и прекращением нападений на евреев отряды самообороны распались или превратились в подпольные военизированные организации еврейских политических партий левой ориентации. Некоторые бывшие руководители и рядовые участники еврейской самообороны в России (И. Бен-Цви, группа бойцов самообороны из Гомеля во главе с И. Ханкиным и другие) переселились в Палестину, где в 1907 г. они учредили тайное общество «Бар-Гиора», на базе которого в 1909 г. была создана ассоциация Ха-Шомер (КЕЭ, том 7, «Самооборона», кол. 645-651).
Нередко отряды еврейской самообороны тесно сотрудничали с боевиками партии эсеров и с боевыми дружинами большевиков, которыми управлял военно-боевой центр при ЦК РСДРП (б). Фактически это был единый центр управления террором. Начиная с осени 1905 г. Ленин не раз отдавал приказ о подготовке терактов, которые он раньше сам же и осуждал, призывал своих сторонников совершать нападения на городовых и прочих государственных служащих, убивать полицейских и жандармов, черносотенцев и казаков, взрывать полицейские участки, обливать солдат кипятком, а полицейских - серной кислотой. Этим, в частности, занимались в Сибири боевики из группы БОНВ во главе с Яковым Свердловым, будущим председателем большевистского ВЦИК. Их боевым девизом была «еврейская месть». Как свидетельствует А.Гейфман, боевики Я.Свердлова «постоянно терроризировали сторонников «черной сотни«, убивая их при каждой возможности» (А.Гейфман «Социал-демократы и террор. Революционный террор в России. 1894-1917». Пер. с англ. Е. Дорман. - М., КРОН-ПРЕСС, 1997).