После смерти в 1260 году Мунке-хана, Арги-Буга был провозглашен великим кааном в столице Монгольской империи Каракоруме. Однако его брат Хубилай, возглавлявший монгольские войска в войне с империей Сун в Китае, не признал власть Арги-Буги и двинул против него свои войска. Кыргызы оказались втянуты в распрю между двумя претендентами на престол великого каана. В этой войне войска Арги-Буги потерпели поражение. Сам Арги-Буга и «войско его испугались, обратились в бегство, рассеялись и прибыли в область киргизов». Там Арги-Буга, «раздраженный этим поражением, убил пленных и укрепился в области киргизов». Собрав новое войско, он послал его в область Тангут, но снова потерпел поражение. Оставшиеся воины из его войска бежали к Ариг-Буге в область кыргызов. Ариг-Буга, «расстроенный и растерянный, стоял с отощавшим и голодным войском на границе Кэм-Кэмджиют у реки, из боязни прихода каана он отправил (к нему) гонцов и просил прощения»[114]. Истощив все возможные ресурсы подчиненных ему племен, Арги-Буга понял, что окончательно проиграл войну и в 1264 году сдался на милость победителя, императора Хубилая.
Время правления Арги-Буги, постои монгольского войска в Туве и Минусинской котловине, наборы людей в его армию в ходе междоусобной войны, отступление «голодных и отощавших» отрядов для «укрепления в землях кыргызов» не могли не принести огромный урон населению Саяно-Алтая. Кыргызы утратили свое положение ведущего этноса, уступив его монголам.
После поражения Арги-Буги кыргызские земли были включены в состав провинции Лин-Бэй империи Юань. Центр провинции находился в бывшей монгольской столице Каракоруме. Земли, населенные кыргызами и кыштымами, были разделены на несколько административных округов. Утратив государственное единство, округа Кяньчжоу и Иланьчжоу находились в степных районах Тувы, Киргиз — в Минусинской котловине. В особые районы были выделены таежные местности Ханьхэна, Усы, Анкэла. «С приходом к власти династии Юань этот народ (цзилицзисы) разделил и создал девять тысяч дворов». Кыргызы могли выставить в монгольское войско один неполный тумен. Их положение в империи значительно ухудшилось. По сравнению с вассальной зависимостью при правлении Джучи-хана, с временными постоями и наборами периода властвования Арги-Буги, кыргызы попали в состояние податного населения, лишившись остатков самостоятельности. В 1270 году император Хубилай назначил наместником ряда областей Саяно-Алтая китайского чиновника Лю Хаоли. Он был послан «в отдаленный край непременно для умиротворения его»[115].
Поражение Арги-Буги не привело к полному «умиротворению». Часть монгольской знати перешла на сторону Хайду, правителя Чагатайского улуса. Монгольские «эмиры и царевичи, которые были в его ставке, пришли к Хайду и поклонились (ему) в землю: "До сих пор нашим правителем был Борак-ка, в настоящее время (наш) государь Кайду-ака, как он прикажет, так и будем служить"». Хайду претендовал на владение Монголией и Саяно-Алтаем. В 1273 году кыргызские князья, недовольные утратой своих привилегий, восстали против юаньского наместника и перешли на сторону Хайду. Сам наместник был захвачен восставшими и едва не погиб. «Северные князья подняли мятеж, привели Лю Хаоли в свое войско и чуть не убили. Их военачальник за то, что Хаоли был добрым в обращении с людьми, освободил его». В 1276 году войска Хайду совершили большой поход в Монголию. Кыргызский князь, восставший против юаньской администрации, не желал установления власти Хайду и пытался заигрывать с китайским наместником. В 1279 году он вступил в переговоры с Лю Хаоли. «Весной 16 года мятежный князь пригласил Хаоли прибыть в Кянькяньчжоу. Сказал: "Император сомневался во мне, это привело к нынешнему (положению)". Хаоли ответил: "Не сомневался. Если бы сомневался в князе, то (когда) пригласил князя в столицу, разве согласился бы на (его) возвращение?" Эти переговоры не привели к каким-либо результатам. В 1280 году Лю Хаоли, ощущая угрозу со стороны восставшего населения Саяно-Алтая, «возглавил множество (людей), ушел в другое место, оборонялся в теснине, ожидая прибытия войск». Но помощь не пришла, и «войска мятежного (кыргызского) князя разбили (его)». Лю Хаоли с остатками своего отряда «на западе прошел через снеговые горы», отступив через горные хребты на Атай. Оказавшись в безвыходном положении, Лю Хаоли «одеждой подкупил тысячника мятежного князя», который пропустил наместника с тысячью человек «тропинками в горах Теби-Шань» в Монголию. В конце концов Лю Хаоли смог добраться до Китая. Кыргызский князь вышел победителем на этом этапе борьбы.