Наибольший интерес вызывали исторические его исследования, написанные на основе широкого привлечения архивных материалов, посвященных прежде всего истории народных движений, различным, исторически обусловленным формам антикрепостнических выступлений народных масс — «понизовая вольница», бунтарство, «бродяжничество», деятельность самозванцев, раскольников, движение Пугачева, Колиивщина и др. Д. Мордовцев с демократических позиций одним из первых в нашей науке важные этапы истории России рассматривал не как деяния царей, полководцев и законодателей, а как «народное движение», уделяя «всегда предпочтительное внимание голытьбе, забытой историей». Это было принципиальным убеждением историка, который с полным основанием утверждал: «Задача русского народа в будущем, его роль в истории человечества и его взаимодействие на другие народности мира уразумеются только тогда, когда русский народ будет иметь свою историю, то есть обстоятельную, беспристрастно и умнохудожественно нарисованную картину того, как пахал землю, вносил подать, отбывал рекрутчину, благоденствовал
Такая сознательная ориентация на изучение роли народных масс, демократический, так сказать, угол зрения на историческое прошлое страны получил достойную оценку передовой русской общественности. Так, на страницах «Колокола» (1868) Д. Мордовцев, наряду с Н. Костомаровым и А. Щаповым, назван в числе первых исследователей «истории народных элементов», авторов «замечательных монографий, касающихся наиболее интересных сторон и моментов нашей национальной жизни, доселе совершенно неизвестных»
Разоблачая крепостников и крепостничество, «ненормальное состояние всего тогдашнего строя», исследователь ничтожеству «генералов и графов» противопоставляет фигуры Пугачева и его сподвижников, создает выразительный, исторически правдивый образ руководителя народной войны, в котором «было много обаяния, много притягательной силы... Он был и полководцем и тактиком. Он умел с помощью ума и такта руководить огромными массами беспокойного и полудикого народа. ...Он умел быть и вовремя строгим, и вовремя милостивым, и по натуре своей не был таким изувером, каким его изображали» (там же, с. 241— 242).