В сентябре 1929 года был призван в армию и направлен в пограничные войска ОГПУ. Служил красноармейцем, затем — политруком взвода. С 1930 года — помощник начальника заставы по политчасти 21-го Ямпольского пограничного отряда в Шепетовском округе. В октябре 1930 года вступил в ВКП(б).
После демобилизации Кубаткин остался служить в ОГПУ. С 1932 года работал в подразделениях госбезопасности Одесской области. В 1936 году был назначен на должность оперуполномоченного УНКВД по Одесской области с присвоением звания младшего лейтенанта госбезопасности (старший лейтенант Красной армии).
В августе 1937 года окончил специальные курсы при Центральной школе НКВД СССР и был переведен на руководящую работу в центральный аппарат НКВД. В 1939 году избран секретарем парткома ГУ ГБ НКВД СССР.
В 1940–1941 годах Кубаткин руководил УНКВД по Московской области, а также возглавлял 3-й спецотдел НКВД СССР.
С 23 августа 1941 года старший майор госбезопасности (генерал-майор) П. Н. Кубаткин являлся начальником УНКВД по Ленинградской области и членом Военного совета Ленинградского фронта. В дни блокады Ленинграда его управление выполняло задания по обеспечению безопасности и порядка в осажденном городе. Возглавляя ленинградских чекистов, Кубаткин в 1945 году одновременно являлся уполномоченным НКВД СССР по 2-му Прибалтийскому фронту.
15 июня 1946 года генерал-лейтенант Кубаткин назначен руководителем советской внешней разведки.
В период работы в Ленинграде близко пересеклись судьбы члена Политбюро ЦК ВКП(б) и первого секретаря Ленинградского обкома партии Андрея Александровича Жданова и Петра Николаевича Кубаткина.
Для Кубаткина совместная работа со Ждановым оказалась весьма полезной. Являясь, как и Кубаткин, членом Военного совета Ленинградского фронта, Жданов был в курсе всех планов боевых операций. Функции органов государственной власти также были переданы Военному совету. Поэтому руководителю ленинградских чекистов Кубаткину приходилось едва ли не каждый день общаться со Ждановым, решая повседневно возникавшие вопросы и проблемы.
После завершения военных операций, связанных с обороной Ленинграда, Жданов получил новое назначение — секретарем ЦК ВКП(б) по идеологической работе. Кубаткин же продолжал трудиться в Ленинграде. Часто выезжал в столицу как по служебным делам, так и для участия в работе сессий Верховного Совета СССР, депутатом которого был избран по окончании войны.
После освобождения Павла Михайловича Фитина от должности начальника внешней разведки именно Жданов предложил Сталину назначить на эту должность Кубаткина. Видимо, мнение Жданова и его рекомендации сыграли свою решающую роль. В июне 1946 года генерал-лейтенант Кубаткин неожиданно для себя и для многих кадровых сотрудников внешней разведки стал начальником этого важнейшего подразделения органов государственной безопасности.
Повышение по службе не предвещало Петру Николаевичу спокойной жизни. Сотрудники внешней разведки решали первоочередные задачи, поставленные перед ними Сталиным. А задачи эти были крайне важными и сложными: речь шла о содействии советским ученым в создании ядерного оружия.
Следует также отметить, что вскоре после окончания Второй мировой войны надежды на мирное сотрудничество с союзниками по антигитлеровской коалиции быстро улетучились. Вновь на горизонте обозначились признаки новой войны, пока что холодной. Имелись определенные трудности и в послевоенном восстановлении народного хозяйства. В такой обстановке единственную возможность для нормальной деятельности вверенной ему Службы Кубаткин видел в опоре на надежных людей. Из Ленинградского управления НКГБ[3]
СССР в центральный аппарат внешней разведки был переведен начальник одного из отделов — Андрей Красавин. Тогда же на работу во внешнюю разведку был направлен оперативный сотрудник Особого отдела НКГБ Ленинградского военного округа Алексей Крохин. На учебу в Высшую разведывательную школу МГБ СССР были направлены активный участник операций по ликвидации немецкой агентуры молодой ленинградский чекист Никита Дерябкин и некоторые другие сотрудники Ленинградского управления госбезопасности. В дальнейшем все они занимали в советской внешней разведке высокие руководящие посты. Попал в этот список и Александр Сахаровский.К сожалению, едва Петр Николаевич начал вникать в дела разведки, как 9 сентября 1946 года последовал приказ о его освобождении от должности и переводе в резерв Управления кадров МГБ. Начальником внешней разведки Советского Союза Кубаткин проработал менее трех месяцев.