Университеты раннего Средневековья управлялись самими студентами, которых тогда именовали школярами. Вначале разделение учеников определялось происхождением. Студенческая нация своими силами и средствами нанимала преподавателей, заботилась о помещении, составляла правила, избирала ректора, обязательно студента, непременно богатого и холостого, чтобы семья не мешала многочисленным и весьма серьезным делам. Первое учреждение подобного рода появилось в 1080 году в Болонье, определив южный тип высших учебных заведений, отличавшихся демократизмом как в организации, так и в преподавании.
Когда национальное деление сменилось профессиональным, ученическое сообщество стало именоваться университетом (от лат. universitas – «общность»). В 1158 году этот статус получила юридическая школа в Болонье, университет в Саламанке был пятым после Оксфорда (1209), Кембриджа (1209) и Парижа (1215). К началу XVI века все они относились к патриархам, поскольку на территории Европы действовали 76 высших учебных заведений. Ученые французской столицы сформировали свой университет самостоятельно, не ожидая инициативы местных школяров и во многом ограничив студенческую вольницу.
В странах средневековой Европы идея создания университета принадлежала городу, но в Испании, где все стороны жизни определяла королевская власть, основателем учебных заведений являлся правитель государства. В 1218 году волей короля Леона Альфонса IX в единую систему объединились все школы Саламанки, занимавшиеся изучением Библии, канонического права и медицины.
В 1243 году Фердинанд III Святой, правитель Леона и Кастилии, подтвердил свершенное указом, а его преемник Альфонс Х Мудрый этот документ упорядочил и расширил. Полученная в 1255 году папская булла свидетельствовала об официальном благословении папы римского Александра IV.