Высшие школы Европы отличались друг от друга специализацией и размерами. Если в деревенских университетах обучалось несколько сотен юношей, то в столичных число слушателей доходило до нескольких тысяч. Подобные заведения в Париже и Саламанке могли принять не более 7 тысяч студентов, а в Болонье их число доходило до 10 тысяч. Утвержденная папой система всеобщего обучения (лат. Estudios generales) предусматривала поэтапное получение знаний. Первая стадия посвящалась искусствам и основам наук. Затем студентов распределяли по факультетам, после чего учение продолжалось в целях повышения квалификации. Не имея возможности учредить новые факультеты, ректоры старались выделить свой университет преобладанием определенной науки.
Университет в Саламанке имел равное значение для короны и церкви, поэтому его интеллектуальной основой стали факультеты права и теологии. Несмотря на сильную связь с властями, он являлся истинным детищем Ренессанса: в отсутствие централизованной структуры и авторитарности, здесь царила демократия, высказывались дерзкие мысли, велись ожесточенные споры на фривольные для тогдашнего общества темы. В период господства инквизиции Саламанкский университет стал единственным, где открыто рассматривалась теория Коперника и никто, во всяком случае за это, не отправился на костер.
Учебный год начинался 1 октября и продолжался до июня, прерываясь многочисленными праздниками. Занятия в средневековой школе проводились обычно в утренние и послеобеденные часы. До 9 часов утра читались обязательные лекции (лат. antilucanae), начинавшиеся очень рано, по звону колокола, призывавшего к предрассветной молитве. После обеда студентам, желающим повысить интеллект, предлагались дополнительные лекции. Каждое занятие продолжалось 1,5–2 часа, причем для лектора считалось дурным тоном не только читать лекцию по конспекту, но и повторять один и тот же материал из года в год.
К началу XIII века, когда европейские страны уже испытали культурный расцвет, но были далеки от Ренессанса, в Саламанке развивались традиции арабской культуры, возрождалось наследие Аристотеля, медицина Галена и Гиппократа, восхвалялись труды Авиценны. Будучи одним из центров культурного подъема страны, университет в Саламанке собирал в своих стенах лучших представителей эпохи. Ученые из самой Испании и соседних государств приезжали сюда изучать естественные науки. Наряду с переводами произведений Авиценны и его испанского коллеги Ибн Рушда (Аверроэса), профессора готовили к выпуску редкие тогда энциклопедические издания. Благодаря саламанкским опытам средневековая наука пополнилась переведенными с арабского трудами по геометрии, географии, астрономии.