Коллеги встретили его как героя, пригласили на должность ректора, посодействовали избранию в члены Испанской академии наук и депутаты кортесов. К этому времени относится создание повестей «Сан Мануэль Добрый, мученик» и «Медея».
Будучи невероятно эрудированным, темпераментным человеком, специалистом в различных областях гуманитарных знаний, Унамуно мог оказывать влияние на все слои интеллигенции. Однако, как отмечают даже его поклонники, он никогда не отличался последовательностью, часто противоречил сам себе. Провозглашенный им бунт затрагивал конкретную личность и, не обнаруживая никакой борьбы, подводил к идее «мятеж ради мятежа». Унамуно-человек никогда не имел четкой жизненной позиции.
Так, в годы добровольной ссылки он считал себя сторонником монархии, в период буржуазной республики выступал против марксизма, яростно защищая национализм. Противоречивое творчество Унамуно, как художественное, так и научное, удивляя яркими антиобщественными чертами, поражает разнообразием. Унамуно-писатель одинаково превосходно чувствовал себя в различных жанрах, будь то роман, повесть, поэма, стихотворение, драма, научные и философские трактаты, журнальные статьи и даже фельетоны.
Благоденствие Саламанки продолжалось до начала Гражданской войны. В 1936 году обитателям университета пришлось склонить голову перед Франко, который устроил в древнем городе штаб-квартиру. Диктатор не посягнул на частную собственность и католическую церковь, но сделал попытку изменить другие общественные институты, в частности образование, начав с лишения свободы лучших его представителей.
Ректор предостерегал сограждан об этой опасности задолго до начала военных действий и, видимо, сомневался в испанцах своего времени, если смог громко произнести знаменитую фразу «Вы сможете победить, но не убедить». Сохраняя верность взглядам, вначале Унамуно выражал солидарность с Франко. Однако интервенция иностранных войск, требования полного им подчинения заставили пересмотреть позицию и вступить в конфликт с республиканской властью.
Мигель де Унамуно провел в застенках последние дни своей жизни. Перемена во взглядах произошла незадолго до смерти: по одной из версий, он был убит франкистами зимой 1937 года. Страдая, но не утратив силы духа, профессор размышлял и заносил в дневник мысли о прошлом, настоящем и будущем своего народа:…В ту ночь придет, что жизнь дает и силы
Дает душе забыть про мрак могилы, придет целить
В ту ночь придет, что целый мир объемля,
Низводит небо в грязь, в прах, на землю, чтоб отбелить
Придет в ночи и мир окаменеет,
И смолкнет вой и память онемеет, придет покой…