Как вытекает непосредственно из контекста, под «наносными атомами», облепившими своей массой природные свойства глуповцев, Щедрин подразумевал именно эту, веками рабства воспитанную, наивную веру мужика в разумных начальников, которые защитят его от начальников неразумных и помогут выйти из стесненных обстоятельств. Щедрин показывает, как в недрах масс зреет протест и как этот протест все еще не может прорваться сквозь кору «наносных атомов», то есть рабской привычки к повиновению. Градоначальники свирепствовали. «Но глуповцы тоже были себе на уме. Энергии действия они с большою находчивостью противопоставили энергию бездействия». Они не соглашались. «И упорно стояли при этом на коленах... Знали они, что бунтуют, но не стоять на коленах не могли» (IX, 345). Но бывали минуты, когда «бунт на коленах» готов был перерасти в настоящий бунт. Об этом рассказывается в потрясающей по своему трагизму главе «Голодный город», где рисуется картина народного гнева, вызванного угрозой голодной смерти. «Наступила такая минута, когда начинает говорить брюхо, против которого всякие резоны и ухищрения оказываются бессильными». Сердца обывателей ожесточились, «глуповцы взялись за ум». Стали они «судить да рядить, и кончили тем, что выбрали из среды своей ходока — самого древнего в целом городе человека, Евсеича». Евсеич трижды ходил к градоначальнику Фердыщенко добиваться от него правды для мужиков, а добился всего лишь кандалов и ссылки для себя. «С этой минуты исчез старый Евсеич, как будто его на свете не было, исчез без остатка, как умеют исчезать только «старатели» русской земли».
Казалось бы, это событие могло послужить достаточным уроком, чтобы поколебать веру глуповцев в свое начальство. Однако, собравшись опять, они ничего другого не могли придумать, как снова выбрать ходока.
Новый ходок, Пахомыч, не желая повторять судьбу своего несчастного предшественника, решил, что «теперь самое верное средство — это начать во все места просьбы писать». Всем полегчало при мысли, что есть где-то человек, который готов за всех стараться. «Что без «старанья» не обойдешься — это одинаково сознавалось всеми: но всякому казалось не в пример удобнее, чтоб за него «старался» кто-нибудь другой». Послав прошение «в неведомую даль», очевидно, самому царю, глуповцы решили, что «теперь, атаманы-молодцы, терпеть нам не долго!», «сидели на завалинках и ждали». И дождались — прибытия вооруженной карательной команды.
Так, смиренный «бунт на коленах» переходит в ожесточение, ожесточение разрешается выбором ходока и посылкой прошения к начальству, а начальство присылает усмирительную команду. Все это очень верно воспроизводит историческую драму политической несознательности и неорганизованности масс, вследствие чего мужицкая «громадина» оказывалась бессильной перед кучкой своих притеснителей. Щедрин последовательно разоблачает несостоятельность наивной мужицкой веры в царя и добрых начальников. Все держится на одной нитке «начальстволюбия»,но «как оборвать эту нитку»? Весь вопрос в том, чтобы заставить «громаду» осознать свою силу и прорваться сквозь «наносные атомы», превратить энергию бездействия в энергию действия, то есть перейти от пассивного сопротивления властям к активной массовой борьбе.
Основной целью автора «Истории одного города» было стремление просветить народ, помочь ему освободиться от рабской психологии, порожденной веками гнета и бесправия, разбудить его гражданское самосознание для коллективной борьбы за свои права. Само соотношение образов в произведении — один градоначальник повелевает огромной массой людей — подчинено развитию мысли о том, что самодержавие, несмотря на всю свою жестокость и вооруженность, не так сильно, как это кажется устрашенному обывателю, смешивающему свирепость с могуществом, что правящие верхи являются, в сущности, ничтожеством в сравнении с народной «громадиной». Достаточно угнетенной массе преодолеть чувство покорности и страха, как от правящей верхушки не останется и следа.
Особенно ярко выражена эта мысль в сценах, рисующих последние дни градоначальствования Угрюм-Бурчеева. Одержимый идиотской решимостью осуществить «всеобщее равенство перед шпицрутеном», он «единолично сокрушил целую массу мыслящих существ». Он разрушил город и, задумав «устранить реку», всех жителей города загнал в пучину водоворота. Однако, как ни старался властный идиот, река, символизирующая неистребимость народной жизни, не унималась. «По-прежнему она текла, дышала, журчала и извивалась». Несмотря на смертный бой, «глуповцы все-таки продолжали жить».
Крах деспотизма наступает вследствие взрыва народного возмущения, открывшего массам глаза на меру их собственного падения и на ничтожество их властелина, который незадолго перед тем казался страшным и всесильным. В сжатых и энергичных выражениях, всего лишь на двух страницах, Щедрин рисует признаки внезапного, стихийного массового негодования.