В европейских водах находились 57 подводных лодок, разделенные на 5 флотилий. 4 флотилии действовали в Северном море, пятая — в Средиземном. Кроме них имелась маленькая учебная флотилия в Портсмуте.
В качестве командующего подводными силами Хортон отвечал перед Адмиралтейством за общее руководство, а перед командующим Флотом Метрополии — за оперативный контроль над всеми лодками, кроме находящихся на Средиземном море. Для выполнения второй задачи был создан оперативный штаб в Абердуре в Шотландии. По мнению Хортона, этот штаб находился слишком далеко от Адмиралтейства, которое было источником информации. Поэтому он сумел убедить Их Лордства позволить ему занять блок квартир, названный «Нортуэйз» в Свисс-коттедже. Это давало ему то преимущество, что он мог связаться с морским штабом в любой момент. Но в то же время он находился достаточно далеко от Адмиралтейства, чтобы сохранить свободу действий, на которой он настаивал.
Хортон уже давно понял, какие богатые возможности обеспечивает взаимодействие подводных лодок с авиацией. Поэтому он немедленно установил связь с Береговым Командованием Королевских ВВС. Тесное взаимодействие принесло свои плоды, но также сослужило Хортону хорошую службу в будущем, когда его задачей стало уничтожение вражеских подводных лодок, ведь самолеты играли в этом важнейшую роль. Ему во многом помогли хорошие отношения с главнокомандующим Берегового Командования главным маршалом авиации сэром Фредериком Боухиллом, бывшим морским офицером. Между двумя родами войск установилась тесная дружба, они добились полного единства целей и действий. Самолеты Берегового Командования стали серьезной угрозой для вражеских лодок и надежным щитом для наших собственных.
Прослужив долгое время на подводных лодках, Хортон прекрасно представлял себе трудности, с которыми сталкивались его корабли и моряки. Хотя он всегда требовал от подводников высочайшей дисциплины и эффективных действий, даже если человек не отвечал этим высоким стандартам, но обладал характером и мужеством признать это, он мог быть уверен в поддержке адмирала Хортона. Восхищение быстро сменяло первые подозрения в несправедливости, и отношения между Хортоном и его командирами можно назвать дружбой, переходящей в глубокое уважение. Он считал корабли и моряков своими детьми и был для них строгим, но любящим отцом. Поэтому не было ни одного человека во всех подводных силах, который не стремился бы сделать для Хортона все, что только можно.
Хортон видел это и очень ценил. В свою очередь он старался делать для подводников все, что от него зависело. Он не щадил сил, чтобы повысить эффективность своих кораблей и облегчить жизнь экипажей.
Тем не менее он сумел избежать профессиональной ограниченности, сохранив широкий взгляд на вещи. Как пишет адмирал Чалмерс: «Взгляды Хортона на стратегию и ведение войны заслуживают особого внимания. Он верил в правильность старой британской стратегии, которая требовала сохранять открытыми морские коммуникации, чтобы быстро наращивать военную мощь и использовать ее для наступления в нужное время в нужном месте». Хортон понимал, что командующий не должен замыкаться исключительно на интересах своего рода войск. Он обладал поразительной интуицией, которая не раз позволяла ему принимать меры, сначала казавшиеся необязательными, но в последствии становившиеся совершенно необходимыми.
Эта интуиция, примененная к ведению войны в целом, позволяла ему использовать британские подводные лодки с наиболее сокрушительным эффектом. Позднее, в качестве командующего морскими силами Западных Подходов, он сумел взять верх над своим выдающимся противником. Во время Битвы за Атлантику Хортон всегда контратаковал немецкие лодки в тех местах, где, по его мнению, их должен был развернуть подводник Дениц. Если же Дениц начинал маневр силами, Хортон словно читал его мысли и снова наносил удар там, где это требовалось.
После того как он прослужил несколько месяцев на посту командующего подводными силами, его вызвал Первый Лорд Адмиралтейства и предложил стать командующим Флотом Метрополии. Хортон попросил 24 часа на раздумье, а потом отказался. Он всегда считал, что командующий Флотом Метрополии находится под жестким контролем Адмиралтейства, которое ограничивает его свободу действий и в то же время возлагает на плечи командующего слишком тяжелую ответственность. В своем письме Первому Лорду он изложил причины своего отказа и в отношении этого пункта высказался так: «Наконец, у меня создалось впечатление, что командующий Флотом Метрополии не обладает в полной мере свободой решений и действий, что мне кажется совершенно необходимым для принятия на себя ответственности за действия флота». Но главной причиной было то, что он уже не раз говорил Их Лордствам. В современной войне флот не может успешно проводить операции без тесного взаимодействия с авиацией. Для этого, по мнению Хортона, командующий Флотом Метрополии должен иметь подчиненные непосредственно ему эскадрильи разведчиков, бомбардировщиков и истребителей.