В 1464 году митрополит Феодосии оставил митрополию и удалился в Чудов монастырь; тогда великий князь послал за братьями своими, князьями удельными, за всеми епископами, архимандритами и игумнами, и когда они собрались, то изволением великого князя, братьев его и всех епископов избран был в митрополиты суздальский епископ Филипп; которые же епископы лично не присутствовали, те прислали соизволительные грамоты; таким же образом избраны были и преемники Филипповы – Геронтий и Симон; на поставлении последнего, когда совершилась божественная служба и приспело время возвести новопоставленного на митрополичье место, великий князь обратился к нему с такою речью: «Всемогущая и животворящая Святая Троица, дарующая нам государство всея Руси, подает тебе сей святой, великий престол архиерейства, митрополии всея Руси рукоположением и священием святых отцов архиепископов и епископов нашего Русского царства. Отче! Прими жезл пастырства и взыдь на седалище старейшинства святительского во имя Господа Иисуса Христа и Пречистой Его Матери; моли Бога и Пречистую Его Матерь о нас, о наших детях, о всем православии, и да подаст тебе Господь Бог здравие и долгоденствие на многие лета!»
Поставления Геронтия на митрополию. Миниатюра Лицевого летописного свода. XVI в.
Дьяки запели: «Ис полла ети деспота» митрополиту, который отвечал Иоанну: «Самодержавный владыко государь! Всемогущая и вседержащая десница вышнего да сохранит богопоставленное твое царство мирно, да будет твое государство многолетно и победительно со всеми повинующимися тебе христолюбивыми воинствами и прочими народами; во все дни живота твоего здрав буди, добро творя на многа лета». Дьяки пропели многолетие великому князю.
В 1478 году великий князь вступился в спор, начавшийся между митрополитом Геронтием и ростовским архиепископом Вассианом по поводу Кириллова Белозерского монастыря. Монахи этого монастыря, не желая быть под управлением ростовских архиепископов, просили своего удельного князя, Михаила Андреевича Верейского, взять их под свое ведение; князь обратился с просьбою к митрополиту, и тот дал грамоту, по которой монастырь поступал в ведение князя Михаила, а ростовский архиепископ лишался над ним всякой власти.
Вассиан обратился сначала к митрополиту с просьбою, чтоб не вступался в его предел; когда же Геронтий его не послушал, то он обратился к великому князю, прося суда с митрополитом по правилам. Иоанн принял сторону архиепископа, но митрополит не послушал и его. Тогда великий князь послал взять у князя Михаила митрополичью грамоту и велел съезжаться в Москву на собор всем епископам и архимандритам.
Митрополит испугался соборного суда и упросил Иоанна потушить дело: великий князь помирил его с Вассианом, грамоту изодрали, и Кириллов монастырь перешел по-прежнему в ведение ростовского архиепископа.
Кирилло-Белозерский монастырь. Великий князь передает монастырь в ведение ростовского митрополита. Миниатюра Лицевого летописного свода. XVI в.
Иначе кончился спор, возникший у великого князя с тем же митрополитом Геронтием по поводу чисто церковного дела. Нашлись люди, которые наговорили Иоанну, что митрополит во время освящения Успенского собора поступил не по правилам, ходил с крестами около церкви не по солнечному восходу. Великий князь рассердился, начал говорить, что за это Бог пошлет гнев свой; начались толки, розыски; в книгах не нашли, как ходить во время освящения церкви, по солнцу или против солнца; но речей было много: одни говорили за митрополита, а другой говорил: «Я сам видел, как на Святой горе освящали церковь; там с крестами против солнца ходили», – и был спор большой, которого не решили ростовский владыка Вассиан и чудовский архимандрит Геннадий, призванные великим князем.
Митрополит в доказательство своего мнения приводил, что когда диакон кадит престол в алтаре, то на правую руку ходит с кадилом, а они говорили: «Солнце праведное Христос на ад наступил, смерть связал и души освободил, для этого на Пасху исходят против солнца».
Нашествие Ахмата и смерть Вассиана Ростовского прекратили на время спор; но когда все успокоилось, он опять возобновился; митрополит, негодуя, что великий князь все держится мнения его противников, выехал из Кремля в Симонов монастырь, оставив посох свой в Успенском соборе и взявши с собою только ризницу; он говорил, что если великий князь не приедет к нему, не добьет челом и спора не прекратит, то он окончательно оставит митрополию и будет жить в келье, как простой монах.