Между 1803 и 1807 годами усилиями Западной дипломатии Россия была вовлечена в войну с Наполеоном. Англия пообещала заплатить царю России Александру I пять миллионов фунтов стерлингов за участие в военных действиях против Наполеона. Армию России в основном составляли новобранцы из порабощенных территорий. Они были неряшливы и плохо вооружены, среди них было много больных, раненых, обреченных на смерть. Многие места, особенно в Польше и Литве, были поражены эпидемиями. Россия старалась скрывать плохие известия о своих поражениях, чтобы они не распространились среди населения. По дорогам России гнали колонны военнопленных французов, чтобы создалось впечатление о «победах» и вдохновлялись патриотические настроения. В 1805 году Россия вместе с Пруссией потерпела поражение под Аустерлицем. Эта битва, наверное, была самой лучшей победой в карьере Наполеона. В 1807 году он достиг еще одной внушительной победы над Россией и Пруссией в битве под Фридландом. Наконец царь Александр I попросил мира.
В июле 1807 года Александр I встретился с Наполеон на плоту на Немане, подписал Тильзитский договор и тем самым отдал половину Польши. Наполеон, получив эту территорию, создал Варшавское княжество и поручил управление ею королю Саксонии. После капитуляции Наполеону, царь не желал обнародовать в России условия договора и все еще держал огромные армии в Литве.
Делегации литовцев в Тильзите встретились с государственным секретарем Наполеона Бассаном и предложили организовать в России восстание. Они просили, чтобы Франция им помогла, то есть вторглась в Россию, но революционерам пришлось ждать еще пять долгих лет, пока Наполеон в июне 1812 года не объявил войну России.
В то время годные для несения военной службы жители Литвы и Самогитии были сильно истощены и разбросаны по всем сторонам. Тысячи из них уже служили в войсках Наполеона, другие принадлежали к силам Варшавского княжества, готовые возвратиться домой как освободители, третьи были забраны воевать за Пруссию, а еще больше их было в рядах мобилизованных рекрутов России.
Известие, что началась война, пришло во время пышного приема и бала, устроенного в честь визита Александра I в Литву, где была временно учреждена столица России и работали ее министерства. Аристократы Литвы и Польши крутились вокруг царя, изъявляя притворную лояльность в надежде на его благосклонность. Роскошь изысканного приема была неописуема, поэтому его срыв был сочтен как смертельное оскорбление. После получения этого шокирующего известия, царь Александр объявил об отъезде, словно отложил прием на другой раз. Царь и его свита, собравшись в течение нескольких часов, срочно удалились вглубь страны и начали воплощать в жизнь по отношению к врагу политику «выжженной земли».
28 июня 1812 года Наполеон прибыл в Вильну. Аристократы Литвы и Польши устроили ему пышный прием и бал в том же самом месте, где несколько дней назад так грациозно поднимали бокалы в честь царя. Те самые дамы танцевали уже с новыми важными иностранными гостями, выражая бессмысленную элегантность.
В целях практичности Наполеон устроил в тылу надежную опорную базу и центр связи. Вильна была выбрана в качестве штаб-квартиры Великой армии Наполеона, а также штаба французской дипломатии. Таким образом, Вильна стала временной столицей Франции.
Наполеон, не теряя времени, освободил крепостныхв Самогитии. Крестьяне Литвы и Польши, услышав это известие, тоже надеялись на свободу, но польско-литовская знать убедила Наполеона воздержаться от подобных действий в их странах. Наполеон обратился к крестьянам и пообещал, что когда он одержит победу над Россией, упразднит крепостное право. Эта ошибка дорого стоила Наполеону. Верные ему аристократы собрали лишь тридцать тысяч плохо обученных и еще хуже обеспеченных новобранцев – «армию Фальстафа». Раздраженный Наполеон отомстил им – отказал дворянству в будущем получать их бывшие привилегии во время правления временного правительства великого княжества литовского, которое он учредил постановлением от 1 июля 1812 года. Заносчивая шляхта Литвы и Польши выражала недовольство, и требовала восстановить бывшую унию, а также беспредельные привилегии знати. Однако Наполеон был другого мнения.
Французские генералы, идя следом за отступающим противником и сталкиваясь с последствиями политики «выжженной земли», старались набрать как можно больше войск, а Литву превратить в главную базу снабжения и связи для продвигающейся вперед Великой армии Наполеона. Императорский декрет по учреждению временного правительства Литвы основное внимание уделял именно этим, чисто военным целям.