Сёгун из Эдо осуществлял верховное управление над всеми этими территориями. Его правительство в соответствии с военными традициями того класса, который он представлял, называлось
Сёгун жил в величественном замке в Эдо, который представлял собой разительный контраст с резиденцией императора в Киото. Как рассказывает Бринкли, огромная крепость сёгуна была окружена тройным кольцом из больших рвов, «внешний ров имел в длину девять с половиной миль, а внутренний — полторы, причем их края были облицованы колоссальными блоками гранита» (Brinkley 2, 10).
Даже сады за этими стенами, чья утонченная изысканность являлась отголоском Хэйанской эпохи, не могли скрыть военной природы дорожек и тропок, ведущих к центральным зданиям. Они представляли собой настоящий лабиринт, план которого держался в строжайшем секрете, и были проложены под мостами и между бастионами таким образом, чтобы незваные гости, независимо от их числа, попадали под концентрированный обстрел из луков, арбалетов или огнестрельного оружия. Родриго де Виверо (1564–1636), который посетил этот замок в 1609 году, отметил его огромные рвы, массивный подъемный мост и крепостные рвы. Возле первых ворот он проследовал мимо двух тысяч воинов, вооруженных аркебузами и мушкетами, которые были построены в две шеренги. Возле вторых ворот стояли четыреста воинов, вооруженных пиками и копьями; еще три сотни стражников, вооруженных изогнутыми копьями
Согласно Язаки, строительство этой мощной цитадели началось в 1607 году, а было завершено в 1639 году, уже при Иэмицу, третьем сёгуне из клана Токугава. Его центральная часть занимала площадь 181,4 акра. Более того, при необходимости здесь могли разместиться и жить в роскоши, к которой они привыкли, «более 260 даймё вместе с 50 000 своих знаменосцев» (Yazaki, 177).
Ода Нобунага осознавал, что многочисленные укрепления, разбросанные по всей Японии, составляют основу для притязаний любого провинциального правителя или клана на общенациональное господство. По сути, каждый замок являлся базой не только для действий оборонительного плана, но и, что более важно, для проведения атак и вооруженных восстаний. Поэтому Нобунага издал постановление, где всем провинциальным правителям, которые присягнули ему в верности, предписывалось следить за тем, чтобы «в каждой провинции было не более одного центрального замка» (Yazaki, 129); все остальные крепости и сторожевые посты следовало немедленно разрушить. Иэясу претворил в жизнь свой эдикт в течение эры Гэнна (1615–1624) с большой дотошностью, в результате которой большинство провинциальных правителей остались вообще без оборонительного замка
Почти половина всех воинов, сконцентрированных в Эдо, находилась в состоянии постоянной боевой готовности и напрямую подчинялась сёгуну. Они назывались «прямые слуги»