Религиозные представления айнов, более всего приближающиеся к наиболее архаичным формам фетишизма с элементами анимизма и идололатрии, резко отличались от религиозных представлений японцев. Так, Л. Я. Штернберг писал о религии айнов: «У них самым главным предметом культа являются заструганные палочки («инау». —
Спору ног, что такое толкование есть у айнских шаманов, но это не научное объяснение, это лишь вторичное осмысление древнего культа. Культ инау интересен тем, что за ним не скрывается какой-либо определенный дух; просто считается, что у каждого инау есть «душа». Распутать вопрос об инау, выводя их из веры в духов, не удастся, хотя «инау играют огромную роль в жизни айну». «Вся его обстановка, все его окружающее, вся его деятельность заполнена инау»; «без преувеличения можно сказать, что значительная часть жизни айну уходит на изготовление инау»; «в доме, в ограде дома везде инау, и далее, куда ни повернешься, на горе, на берегу моря, речки, в лесу, на дорогах, перевалах, на кладбищах и т. д. — всюду самых различных форм инау, то хозяину горы, то хозяину солнца, моря, речки, то предку, то киту, выдре, медведю, тюленю и т. д.»; «но еще более многочисленны инау, которые делаются но тому или иному случаю. Например, после каждой удачной охоты… заболел человек, выздоровел, отправился в путешествие, вернулся и т. д. — каждый раз повое инау».
Едва ли можно сомневаться, что перед нами более древние элементы, вплетенные в ткань анимистических верований. Старые фетиши здесь унифицируются, развиваются в некоторое подобие идолов (Штернберг замечает уже некоторую попытку придать человекообразность этим кусочкам дерева). Вероятно, они раньше представляли собой искусственно воссозданное дерево, ветки дерева. Как бы то ни было, не учитывать представления о «чувственно-сверхчувственных» вещах на примере инау невозможно, без анализа таких элементов разобраться в этом культе нельзя.
Можно отметить также, что фетиши при развитых анимистических представлениях могут толковаться не только как изображение и вместилище духов, божеств, по и как жертва, приношение духу такого предмета, в котором этот дух заинтересован.
Примерно с начала VII тысячелетия до Р.Х. на Японские острова начинают прибывать другие этнические группы. Вначале туда прибыли мигрировавшие с юга, через Рюкюские острова, переселенцы из Юго-Восточной Азии и Южного Китая. Мигранты из Юго-Восточной Азии (вероятнее всего, с островов Индонезии и Филиппин) говорили в основном на языках австронезийской группы. Они расселялись преимущественно на южных островах Японского архипелага, принеся с собой земледелие, а именно рисоводство. Поскольку рис — очень продуктивная культура, он позволяет жить достаточно большому числу возделывающих его людей на весьма небольшой территории. Многие исследователи считают, что упоминавшаяся выше культура Дземон была основана не айнами, а этими более поздними австронезийскими переселенцами (которым эти ученые в родстве с айнами отказывают).
Примерно с III века после Р.Х. в Японии сложилась другая земледельческая культура, называемая культурой Яёй. Носители культуры Яёй, несколько групп родственных племен, принадлежавших к северомонголоидной расе, переселялись в Японию через Корею в течение шести столетий — с III века до Р.Х. по III век после Р. Х. Родственные племена заключали между собой военные союзы и поделили всю территорию страны. Между этими племенными союзами велись непрерывные войны из-за земельных угодий. Не следует забывать, что почти вся территория Японии занята горами, и лишь 20 процентов се пригодны для земледелия. Три основных плодородных района — долины Канто, Поби и Кипаи — расположены на главном японском острове Хонсю. Борьба за эти земли во многом определила историю Японии — как раннюю, так и средневековую.