Некоторый свет на историю Японии II–III веков проливают сведения, содержащиеся в хрониках китайской династии Вэй (220–265). Часть этих хроник посвящена описанию жизни «восточных варваров из страны Вэ» (так вэйцы называли тогда японцев). Согласно этим хроникам, империя Вэй находилась в дружественных отношениях со страной Яматай — патриархальным государством под управлением могущественной и загадочной царицы Химико, находившейся у власти со 190 по 247 год. Она была посвящена в тайны магического искусства «кидо» («путь демонов») и знала толк в волшебстве. Химико была не только волшебницей, но и верховной жрицей, и потому вела жизнь затворницы. От имени Химико страной правил ее младший брат. Согласно вэйским хроникам, правители Яматаи подчинили себе тридцать более мелких княжеств и вели жестокую войну с другим японским государством — Куну, расположенном на острове Кюсю (в районе нынешней провинции Сацума).
Постепенно число земледельцев возросло. Они начали оказывать все большее воздействие на окружающую природную среду и таким образом угрожать природному равновесию, столь важному для нормального существования культуры неолитических айнов. Началось переселение айнов с Японских островов на Сахалин, Курильские острова и на Азиатский материк — в низовья Амура и Приморье. Затем, в конце эпохи Дзёмон — начале эпохи Яёй, на Японские острова прибыло, через территорию позднейшей Кореи, несколько этнических групп из Центральной Азии. Эти новые пришельцы — охотники и скотоводы, говорившие на алтайских языках — и дали начало корейскому и японскому этносам. Согласно японскому антропологу Ока Macao, самый мощный клан алтайских мигрантов, осевших на Японских островах, послужил основой «роду Тэнно».
Многие ученые считают, что в III веке в Японию вторглись воинственные кочевники, родственные предкам нынешних маньчжуров или монголов. Пройдя через всю территорию современной Маньчжурии, они захватили Корею, а затем завоевали и Японию. Их войско состояло из закованных в броню (длинные панцирные кафтаны) конных воинов. Они подчинили себе местные племена и утвердились сначала на Кюсю, а затем и на Хонсю, где на рубеже III–IV веков основали страну Ямато. Именно с завоеванием этими воинственными всадниками Японии связывается появление там лошадей центральноазиатской породы. Такие лошадки — низкорослые, мохнатые, неказистые, но зато очень выносливые и быстрые — служили всем степным кочевникам, вплоть до татаро-монголов Чингисхана. Так что самураи, появившиеся на исторической арене именно как лихие конные стрелки из лука, возможно, являются прямыми потомками этих завоевателей.
Верна ли эта гипотеза или нет, но к IV веку правители японской державы Ямато (вопроса ее идентичности гипотетическому древнеайнскому государству «Яматай» мы далее касаться не будем) подчинили себе большую часть Японии. Независимость сохранили лишь северные провинции на острове Хонсю.
Период с конца III до начала VIII века, условно называемый «периодом курганов», был временем становления ранней японской государственности. В этот период правителей и правительниц Ямато, их приближенных и представителей высшей аристократии погребались в огромных земляных курганах, именуемых «кофун». Размеры этих могильников были весьма впечатляющими (до четырехсот пятидесяти метров в длину и до тридцати метров в высоту). Размерами и формой они напоминали ступенчатые ацтекские, майянские и египетские пирамиды.
Среди многочисленных предметов, захороненных в курганах вместе с представителями древней японской знати, археолога при раскопках находят так называемые «ханива» — ритуальные глиняные фигурки (заменявшие собой людей и другие живые существа, приносимые в жертву умершим в предшествующий период), и в том числе фигурки «замогильных стражей», на основании которых можно составить себе представление о вооружении и экипировки воинов эпохи Ямато.
В «период курганов» воинов Страны восходящего солнца» еще не называли самураями. Самурайство, как каста профессиональных военных, в ту далекую эпоху еще не сформировалось. Экипировка воинов древней Японии также весьма отличалась от самурайской. В «период курганов» японские боевые доспехи весьма напоминали центральноазиатские — похожие доспехи в то время носили кочевники Великой степи. Они представляли собой длинный «бронехалат», набранный из множества узких и длинных железных пластинок небольшого размера. В каждой такой пластинке было просверлено несколько отверстий, через которые пропускались кожаные шнурки, скреплявшие пластинки друг с другом. Такой тип доспеха называется ламеллярным. Он был широко распространен по всей Азии, вплоть до Тибета и Сибири. Ламеллярные доспехи носили и татаро-монголы Чингисхана. В Японии ламеллярный доспсх (вероятнее всего, попавший туда вместе с упоминавшимися выше воинственными кочевниками) назывался «кэйко». Он был очень тяжелым и предназначался, прежде всего, для конных воинов.