Культура айнов — охотничья культура, культура, которая никогда не знала больших поселений, в которой самой крупной социальной единицей была локальная группа. Айны всерьез полагали, что все задачи, которые ставит перед ними внешний мир, могут быть решены силами одной локальной группы. В айнской культуре человек значил слишком много, чтобы его можно было использовать как винтик, что было характерно для культур, основой которых было земледелие, а в особенности — рисоводство, которое позволяет существовать очень большому числу людей на крайне ограниченной территории. Система управления в Мацумаэ была следующей: самураям клана раздавались прибрежные участки (которые фактически принадлежали айнам), но гордые самураи, не умевшие и не желавшие заниматься ни рыболовством, ни охотой (не говоря уже о прибрежном собирательстве!), сдавали эти участки в аренду откупщикам. Поэтому все дела вершили откупщики. Они набирали себе помощников: переводчиков и надсмотрщиков. Переводчики и надсмотрщики допускали по отношению к подневольным айнам множество злоупотреблений: жестоко обращались со стариками и детьми, насиловали айнских девушек и женщин, а уж нецензурная брань в отношении айнов была самым обычным делом. Айны находились фактически на положении рабов. В японской системе «исправления нравов» полное бесправие айнов сочеталось с постоянным унижением их этнического достоинства. Мелочная, доведенная до абсурда регламентация жизни была направлена на то, чтобы парализовать волю айнов. Многие молодые айны изымались из своего традиционного окружения и направлялись японцами на различные работы. Так, например, айны из центральных районов Хоккайдо посылались на работу на морские промыслы островов Кунашир и Итуруп (которые в описываемую эпоху также стали объектами японской колонизации), где жили в условиях неестественной скученности, не имея возможности поддерживать свой традиционный, близкий к природе, образ жизни.
Вес это привело к новым айнским вооруженным выступлениям, например, к восстанию на Кунашире в 1789 году. События там развивались но следующему сценарию: японский промышленник Хидая попытался открыть на тогда ещё независимом, населенном айнами Кунашире свои фактории. Вождь айнов Кунашира — Тукиноэ — не позволил промышленнику осуществить свое намерение, захватил вес товары, привезенные японцами, и отослал японцев обратно в Мацумаэ. В ответ- японцы установили экономическую блокаду Кунашира. После восьми лет блокады Тукиноэ, смирившись, позволил Хидая открыть несколько факторий на острове. Айнское население Кунашира немедленно попадало в кабалу к японцам. Через некоторое время айны под предводительством Тукиноэ и Икитои восстали против японцев и в ходе ожесточенной борьбы одолели пришельцев. Однако нескольким японцам удалось спастись. Беглецы добирались до столицы Мацумаэ, поведали о случившемся, и клан Мацумаэ направил на Кунашир карательную экспедицию для подавления бунта.
После подавления восстания айнов Кунапшра и Мэнаси силами «боевых холопов» Мацумаэ центральное сёгунское правительство прислало на замиренные с таким трудом острова специальную ревизионную комиссию. Чиновники Центрального правительства рекомендовали пересмотреть политику в отношении аборигенного населения: отменить жестокие указы, назначить в каждый район врачей, обучить айнских туземцев японскому языку, земледелию, постепенно приобщать к японским обычаям. Так началась ассимиляция («японизация»). Настоящая колонизация японцами Хоккайдо началась, однако, лишь после «революции (реставрации) Мэйдзи» в 1868 году: айнских мужчин заставляли стричь бороды, женщинам запрещали делать татуировку губ, носить традиционную айнскую одежду. Ещё в начале XIX века японскими властями были введены запреты на проведение исконных айнских ритуалов, в особенности традиционного «Медвежьего праздника».
Стремительно росло число японских колонистов Хоккайдо: гак, в 1897 году на остров переселилось шестьдесят четыре тысячи триста пятьдесят человек, в 1898-м — шестьдесят три тысячи шестьсот тридцать, а в 1901-м — пятьдесят тысяч сто человек. В 1903 году население Хоккайдо состояло из восьмисот сорока пяти тысяч японцев и всего лишь восемнадцати тысяч айну. Начался период самой жестокой японизации хоккайдоских айну.