Однако в 1580 году в тылу у Хидэёси против власти Нобунаги Оды восстал самурайский род Бэссё, вследствие чего ему пришлось приостановить успешно развивавшееся наступление на запад и осадить родовой замок восставших. Неприятельская цитадель была взята измором только через год, после чего Хидэёси захватил провинцию Тадзима — владение старинного самурайского рода Ямана. Последние вассалы главы клана Ямана, собравшиеся в замке Тоттори, видя бессилие своего сюзерена, изгнали его и перешли на сторону Мори (как видим, самурайские заповеди, и первейшая из них — непоколебимая верность сюзерену — соблюдались «боевыми холопами» на практике далеко не всегда, особенно в трудные времена «войны всех против всех»). В 1581 году Хидэёси осадил замок Тоттори и, скупив весь провиант в округе, взял неприятельскую цитадель измором.
Как уже упоминалось выше, в 1582 году Хидэёси по приказу Нобунага Ода вторгся в провинцию Биттю и осадил замок клана Мори Такамацу. Этот замок находился в окружённой горами долине, омываемой с обеих сторон реками. Хидэёси свёл дамбы вокруг замка и изменил направление рек так, что вода залила всю долину. В результате этой инженерной стратагемы Хидэёси и сильных дождей замок превратился в островок посреди искусственного озера. До его падения оставалось несколько недель.
В мае 1582 года, как уже говорилось выше, против Нобунаги Оды восстал его вассал Мицухидэ Акэти (которого Ода когда-то оскорбил, ударив веером, посеяв в душе злопамятного вассала зерна ненависти и будущей мести). Окруженный в киотском храме Хоннодзи (как и многие японцы тех и нынешних времен, Ода, будучи ревностным христианином, оставался в то же время — так, на всякий случай! — синтоистом, а заодно и буддистом) десятитысячным войском мятежника, Нобунага Ода, увидев, что храм охвачен огнем, совершил над собой обряд «сэппуку» (по другой версии, он нал от руки Акэти Мицухидэ, однако точно установить это так и не удалось, поскольку труп злополучного «даймё» сгорел в огне пожара, уничтожившего храм). Узнав о гибели своего сюзерена, Хидэёси, все еще осаждавший замок Такамацу, скрыл полученную новость от противника, заключил перемирие с кланом Мори и спешно отвел все свои войска к столице. Одновременно на разгром мятежных самураев Мицухидэ Акэти (объявившего себя «сёгуном») двинулся ещё один близкий соратник Нобунаги — Иэясу Токугава, однако Хидэёси опередил Токугаву, преодолев всего за три дня расстояние в несколько сотен километров. 12 июня 1582 года сорокотысячная армия Хидэёси, благодаря своему подавляющему численному превосходству, разгромила войска самозваного «сёгуна» Мицухидэ Акэти в битве при Ямадзаки. Искавший спасение в бегстве вероломный Мицухидэ (вошедший в историю Японии под ироничным прозвищем «сёгун на тринадцать дней» или «тринадцатидневный сёгун») был убит местными крестьянами при попытке силой получить от них провизию и конский фураж (по другой, более «романтической» и «героической», версии, «тринадцатидневный сёгун» пал от руки самого Хидэёси, желавшего во что бы то ни стало отомстить неверному вассалу за гибель своего сюзерена).
Всячески выставляя себя в качестве «мстителя за своего господина Нобунагу», Хидэёси увеличил тем самым своё влияние в среде соратников клана Ода. На совещании в замке Киёсу, где решался вопрос о наследстве рода Ода, он заручился поддержкой влиятельных «тайсё» Нагахидэ Нивы и Цунэоки Икэды. По решению совещания, Хидэёси получил часть владений покойного Нобунаги Оды и упрочил свое положение, став регентом-советником нового предводителя «военного дома» Ода — трёхлетнего Хидэнобу. Решения совещания вызвали недовольство давнего недоброжелателя и оппонента Хидэёси — «тайсё» Кацуиэ Сибаты (не простившего ему, в отличие от покойного Оды, дезертирства перед битвой при Тэдоригаве и с беспокойством следившего за его неудержимым возвышением).
В 1583 году противостояние между Хидэёси и Сибатой переросло в вооружённый конфликт. В решающем сражении при Сидзутагакэ войска Кацуиэ Сибаты потерпели поражение и отступили в провинцию Этидзэн. Со временем на сторону Хидэёси перешел Маэда Тосииэ, влиятельный вассал рода Ода и многолетний союзник Сибаты. Пользуясь моментом, армия победителей вторглась во владения противника и окружила его главную цитадель Китаносё. Убедившись в безвыходности своего положения, Кацуиэ Сибата и его супруга Оити совершили над собой обряд «сэппуку», и крепость пала. После падения крепости Китаносё оппозиционные Хидэёси силы внутри клана Ода капитулировали перед регентом-советником, который стал фактическим преемником Оды Нобунаги, захватив его владения и продолжив дело подчинения Японии своей власти.