В 1587 году Хидэёси во главе двухсоттысячного войска лично отправился в поход на остров Кюсю. Самураи клана Симадзу не смогли противостоять армии «дайдзё-дайцзина», превосходящей их силы в десять раз, и сдались противнику.
Таким образом, вся Западная Япония оказалась под контролем Хидэёси Тоётоми. На завоёванных землях он в 1587 году запретил проповедь христианской веры (что означало открытый разрыв с политикой Нобунаги Оды, ревностного исповедника и покровителя христианства),
Уже к 1588 году Хидэёси был столь силен, что смог назначить своих наместников даже в самые отдаленные провинции страны и добиться отданного им всему населению (кроме самураев, служащих своим господам) приказ сдать все имеющееся у них оружие.
С 1589 года Хидэёси Тоётоми обдумывал план уничтожения крупнейшего властителя области Канто (ныне поглощенной территорией столицы Японии — города Токио) — рода Го-Ходзё. Поводом к войне стал захват вассалами клана Го-Ходзё одного из замков, принадлежавших самурайским кланам Санада и Судзуки, союзникам Тоётоми. В 1590 году Хидэёси осадил главную неприятельскую цитадель — сильно укрепленный и окруженный со всех сторон водными преградами замок Одавару, вознамерившись взять её не штурмом, а измором, чтобы избежать ненужных потерь в живой силе.
Во время осады «дайдзё-дайдзин» повелел всем владетельным князьям Восточной Японии явиться к нему в ставку с изъявлением покорности, чтобы доказать свою лояльность Божественному Тэнно (а в действительности — его главному министру, крепко державшего по-прежнему бессильного императора в своих руках). Почти все «боевые холопы» области Тохоку во главе со своими «даймё» прибыли на поклон в Ставку Хидэёси и признали свою зависимость от него.
После трех месяцев осады войсками Хидэёси наконец пала грозная, сильно укрепленная неприятельская крепость, которую в своё время не смогли взять даже такие видные полководцы Страны восходящего солнца, как храбрые «даймё» Такэда Сингэн и Уэсуги Кэнсин. Предводитель рода Го-Ходзё совершил «сэппуку» вместе со своими сыновьями. К 1590 году Тоётоми Хидэёси фактически стал единоличным правителем всех островов Японского архипелага.
Разбив последнего опасного внутреннего врага, Хидэёси объединил под императорской (а фактически — под своей собственной) властью все земли державы Ямато. Благодаря его стараниям завершился очередной столетний период междоусобных войн, раздиравших на части Страну восходящего солнца. Новый правитель Японии передал титул имперского регента-«кампаку» своему племяннику Хидэцугу, сам же «удовольствовался» званием «тайко» («регента в отставке»), превратившись в своего рода «серого кардинала» при всецело зависимом от него племяннике-«регенте». Это «понижение в должности» было Хидэёси даже выгодно, поскольку отводило от него недовольство непопулярными мерами, которые «регент» проводил в жизнь по указаниям своего пребывавшего как бы на заднем плане дяди-«кукловода».
В области экономики Хидэёси Тоётоми продолжил курс своего предшественника Нобунаги Оды, главным принципом которого была свобода торговли. Он даже собирался провести денежную реформу, начав чеканку первой в истории Страны восходящего солнца японской золотой монеты. Хидэёси также составил общеяпонский земельный кадастр и закрепил землю за крестьянами, обрабатывавшими её. Его политика изъятия оружия (включая даже косы, серпы, вилы и ножи) у гражданского населения (то есть фактически у всех японцев, кроме «боевых холопов») — так называемая «охота за мечами» — в немалой степени способствовала формированию в средневековой Японии классового общества, которое отныне было разделено на администраторов — представителей воинского сословия (самураев) и гражданских подданных (крестьян, горожан и торговцев). Отныне крестьянский сын (вроде самого Хидэёси) или сын ремесленника (скажем, кузнеца, как сын друга детства Хидэсси — «тайсё» Киямата Като) при всем желании не мог вступить в ряды самурайского сословия и дослужиться до высоких военных или административных чинов.
Для содержания постоянной двухсоттысячной армии и широко разветвлённого бюрократического аппарата Хидэёси обложил крестьянство высоким натуральным налогом, составлявшим две трети урожая. Вместе с тем окончание периода междоусобных феодальных войн привело к экономической стабилизации: площади обрабатываемых земель возросли на семьдесят процентов, а годовой сбор риса в Стране восходящего солнца достиг трех с половиной миллионов тонн.