Тело почившего святителя с величайшими почестями было помещено в мраморный гроб и погребено в храме Святых Апостолов города Тримифунта. У гроба его стали происходить многочисленные чудеса и исцеления, и вскоре к месту его погребения стали стекаться паломники.
Родное селение святителя было полностью уничтожено в 1191 г. вторгшимися на Кипр воинами английского короля Ричарда Львиное Сердце. В настоящее время на этом месте находится деревня Тримитос.
История христианской Церкви сохранила две версии перенесения в Константинополь святых мощей Спиридона.
Первая из них повествует о том, что нетленные мощи святителя пребывали на острове Кипр до 648 года, пока вторжение сарацин не стало угрожать их сохранности. Для того чтобы уберечь великую святыню от надругательств иноверцев, по повелению византийского императора их переместили в Константинополь, в храм Святых Апостолов.
Как только могила святителя была открыта, люди, выполнявшие приказ императора, замерли в благоговейном удивлении – десятилетия, проведенные под толщей земли, никак не отразились на теле святого. Мертвый епископ Тримифунтский выглядел так, как будто с момента его кончины не прошло и часа: волосы, зубы, кожа святого – все было в отличном состоянии.
С великими почестями тело чудотворца было перемещено в Константинополь, где для него изготовили специальную раку. И вскоре слава о чудесах, происходивших от мощей святого, широко распространилось по всему христианскому миру. Подошедшие к раке больные получали немедленное исцеление, неимущие – кров и пищу, сомневающиеся укреплялись в вере, а нечистая сила бежала прочь от святых мощей.
Когда же в 1453 г. столицу Византии захватили турецкие войска, отец Георгий Калохеретис – один из священнослужителей Константинополя – тайно вынес из храма мощи святого критского чудотворца и святой императрицы Феодоры. С величайшими предосторожностями провез он две святыни через всю страну и, переправившись через море на пароме, вывез их на остров Керкиру, в те времена находившийся под властью венецианцев.
По второй версии, до 1448 г. нетленные мощи святого Спиридона оставались на его родном острове. Вывезены с Кипра они были по велению правительницы острова Элени (происходившей из византийской династии Палеологов), которая продала святыню Ватикану.
Перевозя мощи святителя, эмиссары Ватикана посетили Арту, в которой в те времена правил венецианец Кароло. Однако Господу не было угодно, чтобы великая святыня была вывезена в католические земли. Корабль ватиканцев прочно сел на мель, и, воспользовавшись этим, солдаты Кароло (православные жители Арты), с благословения местного духовенства, завладели нетленными мощами критского чудотворца.
Однако часть святыни все-таки досталась посланникам Папы – супруга Кароло, исповедовавшая католицизм, уговорила его отправить в Ватикан правую руку святого. Так Десница чудотворца Тримифунтского отправилась в Рим, а мощи святителя были помещены в храм Святой Феодоры.
И уже из Арты была вывезена святыня священником Георгием Калохеретисом и перемещена на остров Корфу, где они были в безопасности во времена военных столкновений и вторжений на греческие острова иноверцев.
В пользу второй версии выступает и тот факт, что правая рука святого Спиридона Тримифунтского и в самом деле на протяжении пяти веков пребывала в римском католическом храме Святой Девы, расположенном в местечке Педиадос. Воссоединение святыни произошло только в конце XX века, когда в 1985 г. Ватикан вернул Десницу святителя православной Церкви, и она была торжественно уложена в раку, в которой покоятся мощи чудотворца.
В наши дни время от времени Десницу святителя Спиридона Тримифунтского торжественно вывозят в другие страны, чтобы все православные верующие могли приобщиться к великой благодати, исходящей от нетленных мощей святого.
Доставив мощи на Корфу, Георгий Калохеретис поместил их на хранение в одну состоятельную и благочестивую семью. И согласно данному Георгию обету, на протяжении многих веков один мужчина из каждого поколения этой семьи становился священнослужителем. Нетленные мощи святителя благоговейно хранились в домашней церкви этого семейства, а в конце XVI века на средства, собранные горожанами, был возведен храм, достойный вместить великую святыню.