Вскоре помирились и старшие Александровичи — Дмитрий и Андрей. В 1287 году все трое братьев ходили войной против нового тверского князя Михаила Александровича. «И подошли к Кашину, и стояли под Кашиным девять дней, и опустошили все, и Кснятин сожгли, а оттуда захотели идти на Тверь. И великий князь Михайло вышел против них со своею силою, и так начали пересылаться между собой, и, помирившись, разошлись». «В дальнейшем отношения Даниила Александровича с Тверью то вновь становились дружественными, то снова охладевали, — пишет современный исследователь. — А вот отношения со старшим братом, великим князем Владимирским Дмитрием Александровичем, делались все прочнее и прочнее». Надо сказать, что дружба с Дмитрием, а затем и с его сыном Иваном, впоследствии принесла Даниилу немалую политическую выгоду.
В 1293 году вновь началась война между Дмитрием и Андреем. Андрей в очередной раз отправился в Орду, к новому хану Токту, выпрашивая себе помощь против брата. На Русь двинулась огромная татарская рать во главе с братом хана Туданом (Дюденем); татар сопровождали и многие русские князья. Дмитрий бежал; услышав о нашествии татар, разбежались и все жители Переяславля. Татары взяли и полностью разорили Суздаль, Владимир, Переяславль, Юрьев Польской и другие города. Не обошла беда и Москву. «И подошли татары к Москве, и Даниила Московского обманули, и вошли в Москву. И причинили то же зло городу, что и Суздалю, и Владимиру, и другим городам — и взяли Москву всю, и волости, и села», — рассказывает летописец.
В следующем, 1294 году Дмитрий умер. Его отчина, Переяславль, осталась за его сыном Иваном, которого поддержали Даниил Московский и Михаил Тверской. На съезде князей во Владимире в 1296 году дело едва не кончилось новым кровопролитием: ставший великим князем Андрей Городецкий при поддержке других князей намеревался захватить Переяславль, однако Даниил и Михаил не позволили ему этого. «В том же году великий князь Владимирский Андрей Александрович собрал большое войско, хотя пойти к Переяславлю, и к Москве, и к Твери. Князь же Михаил Ярославич Тверской и князь Данило Александрович Московский собрали против него большое войско, и, пойдя, исполчились у Юрьева». И опять дело не дошло до кровопролития: князья предпочли помириться.
Действуя то силой, то убеждением и веря при этом в правоту своего дела, князь Даниил добился укрепления своего княжества, расширил его пределы. На короткое время ему удалось утвердиться даже в Великом Новгороде (там сел на княжение его малолетний сын Иван, будущий Иван Калита). В 1300 году, на съезде князей в Дмитрове, Даниил подтвердил договор с великим князем Андреем и князем Иваном Дмитриевичем Переяславским; правда, союз его с Михаилом Тверским распался. (В последующие годы сыновья Даниила будут люто враждовать с тверским князем.) В том же 1300 году Даниил воевал с рязанским князем Константином, причем разбил какой-то татарский отряд, защищавший Рязань: «Приходил ратью на Рязань, и бились у Переяславля (Переяславля-Рязанского, то есть нынешней Рязани. —
В 1302 году преставился племянник Даниила, переяславский князь Иван Дмитриевич — «боголюбивый, и смиренный, и кроткий, и тихий», как пишет о нем летописец. Он не имел детей и потому «благословил княжить после себя в Переяславле Данила Московского, потому что любил его более иных». Переяславль был одним из главных городов Северо-Восточной Руси; присоединение его к Московскому княжеству сразу во много раз усилило Москву. Летописи и Житие святого князя особо подчеркивают, что присоединение Переяславля произошло законным путем, без «крамолы». Узнав о решении князя Ивана, Даниил поспешил отправить в Переяславль своего старшего сына, князя Юрия. В городе уже хозяйничали наместники великого князя Андрея, появившиеся здесь, по-видимому, сразу же после смерти переяславского князя. Юрий прогнал их. И на этот раз все обошлось без кровопролития. Осенью того же года Андрей опять отправился в Орду, надеясь найти там поддержку. Но новой войны из-за Переяславля не получилось.
Это событие стало последним в жизни князя Даниила Московского. Он скончался 5 марта 1303 года, скончался «в чернецах и в схиме», то есть приняв перед смертью пострижение в монахи. Относительно места его захоронения показания источников расходятся. По одним сведениям, он был похоронен в московской церкви Архангела Михаила (предшественнике будущего Архангельского собора Московского Кремля), по другим — в основанном им Даниловом монастыре. «По своему смирению, не пожелал он быть положенным в церкви, но на монастыре, где погребали всех братий», — рассказывает Житие святого.