В 1918 году, по приглашению профессора Гурвича, получившего место в Таврическом университете, Любищев приехал в Симферополь. В том году в Крыму оказалось множество известных ученых, отрезанных от столиц фронтами Гражданской войны. Никогда Таврический университет не имел такой профессуры; на его кафедрах работали Н. М. Крылов, В. И. Смирнов, О. В. Струве, А. А. Байков, Н. И. Андрусов, В. А. Обручев, В. И. Вернадский, В. И. Палладин, Г. Ф. Морозов, С. И. Метальников, Э. А. Майер, П. П. Сушкин, И. Е. Тамм, Б. Д. Греков и многие другие. Работы Любищева тоже были известны, особенно статья «Механизм и витализм как рабочие гипотезы», но чтобы прокормить семью, ученому приходилось, помимо чтения лекций в университете, давать частные уроки, сторожить сады, подрабатывать грузчиком на виноградниках. Кстати, тем же занимался в то время молодой студент Таврического университета Игорь Курчатов, работы которого в будущем изменили мир.
В 1918 году Любищев отметил в дневнике:
«Я сейчас задаюсь целью написать со временем математическую биологию, в которой были бы соединены все попытки приложения математики к биологии».
Этих мыслей Любищев уже никогда не оставлял.
«Три главных направления математической биологии станут ясны, – писал он в 1921 году, – если взять те три основные точки зрения, с которых можно подходить к изучению организмов: 1. Организмы или части организмов можно рассматривать с точки зрения их формы. 2. Организм можно рассматривать как определенный процесс или интересоваться процессами, в нем протекающими. 3. Наконец, отдельный сложный организм может быть рассматриваем как совокупность составляющих его элементов или же собрание более или менее однородных организмов рассматривается как некоторая реальная совокупность. Последнее направление, статистическое, развилось позднее других и дало уже наиболее заметные результаты. Второе направление может быть названо физиологическим в широком смысле слова, и, наконец, первое, самое спорное и еще не завоевавшее прав гражданства, является чисто морфологическим.
Как математическая физика при начале своего развития была точной копией своей старшей сестры – небесной механики, но затем эмансипировалась и поставила математике ряд новых задач, повлекших за собой развитие особых разделов, так и биология, развиваясь под влиянием своей старшей сестры – физики, сумеет от нее заимствовать только то, что ей нужно, а в остальном пойдет своей дорогой по пути предстоящих ей действительно великих открытий. А эти открытия не окажутся без взаимного влияния и на область чистой математики. Может быть, развитие учения о биологических формах вызовет к жизни или к развитию новые категории соотношений между геометрическими образами».
В 1921 году Любищева пригласили в Пермь на должность доцента университета по кафедре зоологии. Там он чуть не погиб, заболев сыпным тифом. Приступ болезни обрушился на него во время посещения Кунгурской ледяной пещеры. Буквально на плечах вынес Любищева из пещеры его друг доктор В. Г. Вайнштейн.
В Перми Любищев закончил работу «О природе наследственных факторов», которую считал самой интересной своей теоретической работой.
«…При всем разнообразии современных теоретических взглядов в биологии, – писал позже профессор С. В. Мейен, объясняя эволюционные взгляды Любищева, – наиболее распространенное убеждение, унаследованное от классического дарвинизма, таково: самой триады проблем „система – эволюция – форма“ не существует. Эволюция творит форму, из эволюции и только из нее вытекает и система. Естественные группы организмов – не более чем ветви филогенетического древа. Форма организмов – всего лишь внешний результат, чистый эпифеномен эволюции, руководимой средой и функцией, а через них – естественным отбором. Поэтому вне теории эволюции не может быть теории системы организмов. То же относится и к форме организмов. Если и обнаруживается в ней нечто независимое от физиологии и среды, то это обычно считается уже не биологической проблемой. Итак, признается связь, но не равноправие членов упомянутой триады. Существует лишь одна главная проблема – эволюционная – с ее частными аспектами.