Незадолго до переселения в Ленинград (в начале мая 1930 года) отец ездил на IV Съезд зоологов в Киев. Там были поставлены доклады по общебиологическим вопросам, в том числе (по предложению И. И. Шмальгаузена) доклад отца: «О логических основаниях современных направлений в биологии». Отец писал: «Мой доклад носил общий характер и был дальнейшим развитием доклада на III Съезде „Понятие номогенеза“. Номогенез, конечно, не является отрицанием морганизма, но ограничивает его, и поэтому на IV Съезде тогдашние защитники морганизма были в числе моих противников». Прения по докладу вызвали большое оживление; многие участники Съезда защищали в то время чистый морганизм. Среди них были М. Л. Левин, С. Г. Левит, Б. М. и М. М. Завадовские, А. С. Серебровский, И. И. Презент, И. М. Поляков, Е. А. Финкельштейн, М. М. Местергази. Против этой группы выступило значительное число зоологов, «не объединенных какой-либо общей идеей». Их позицию особенно ярко выразил палеонтолог Д. Н. Соболев. Имея в виду постоянные ссылки «морганистов» на классиков марксизма, он убедительно показал неправомерность прикрытия постулатов морганизма цитатами из работ Маркса и Энгельса. Ю. А. Филипченко произнес в защиту свободы научных убеждений блестящую речь, вызвавшую наибольшее количество аплодисментов».
Плановой работой Любищева в Институте защиты растений было определение экономического значения вредителей – злаковых мух, другими словами, в Ленинграде он продолжил работы, начатые еще в Самаре. Любищев побывал в Белоруссии, в Крыму, в Нижнем Поволжье, в Закавказье, в Узбекистане; тогда же он познакомился с американским биологом Ч. Блиссом, работы которого оказались ему близки своим математическим подходом.
К сожалению, условия работы в институте складывались сложно для Любищева.
Хотя в 1935 году ему было присуждена степень доктора сельскохозяйственных наук без защиты диссертации, И. А. Зеленухин, директор института, относился к ученому подозрительно и всячески противился внедрению в научные исследования института математических методов. Дело дошло до того, что в 1937 году на одном из Ученых советов против Любищева выдвинули политическое обвинение – в намеренном преуменьшении им экономического значения вредителей.
«…Ученый совет, – вспоминала Е. А. Равдель, – решил ходатайствовать перед ВАК о лишении отца докторской степени, а Зеленухин уволил его „за невыполнение плана работ“. Однако еще до этого И. И. Шмальгаузен пригласил отца на должность заведующего Отделом экологии Института зоологии украинской Академии наук и к тому времени отец уже был зачислен на работу в Киеве. Безработица ему не угрожала, но, как написано им в дневнике того времени, чувствовал он себя неважно.
Надо сказать, что ВАК (Высшая аттестационная комиссия) подтвердила свое прежнее решение о присуждении отцу докторской степени. Многие из знавших его считают, что именно тогда наиболее ярко проявились его особенности ученого и человека – стойкость в убеждениях, сила воли и антипатия к компромиссам. Позиция отца в оценке значения вредителей злаковых растений была подтверждена в послевоенных работах крупных специалистов биологов».
1938 году Любищев переехал в Киев.
В Институте биологии Академии наук УССР он совмещал теоретические исследования с практической работой в Отделе защиты растений Украинского института плодоводства.
В 1941 году, в самом начале войны, ученый был эвакуирован в Среднюю Азию – в город Пржевальск. Там в местном Педагогическом институте он заведовал кафедрой зоологии. В 1943 году Любищева пригласили в столицу Киргизской ССР – город Фрунзе. Во Фрунзе он заведовал эколого-энтомологическим отделом Киргизского филиала Академии наук СССР и возглавлял кафедру зоологии Киргизского сельскохозяйственного института. Одновременно в течение четырех лет он был председателем Государственной аттестационной комиссии на трех факультетах сельскохозяйственного института – биологическом, физико-математическом и географическом.
К сожалению, прямота Любищева, его любовь к полемике, опять создали для него некоторые проблемы. Он считал, что прогресс науки состоит не в накоплении окончательно установленных истин, а в последовательной и постоянной смене постулатов, понятий, теорий. «Поэтому не на основе фактов строятся теории, как думают представители так называемой индуктивной науки, – говорил он, – а всегда на основе теории факты укладываются в систему». Из-за склонности Любищева к полемике он часто оставался непонятым. Обиженные Любищевым коллеги награждали ученого отнюдь не безобидными ярлыками – антидарвинист, виталист, идеалист.
Идеалистом Любищев, конечно, не был.
Просто он отрицал механистические воззрения на природу и не принимал никаких источников познания, кроме реального человеческого разума.