Этот эпизод служит доказательством признания заслуг молодого ученого, сумевшего завоевать большой авторитет среди городского населения. Н. В. Склифосовский, однако, в Одессе не остался, так как его не удовлетворяла одна лишь практическая медицина: Николая Васильевича влекло к педагогической деятельности, особенно его интересовали вопросы военно-полевой хирургии».
Началась франко-прусская война и Склифосовский вновь отпросился на фронт.
В 1871 году Склифосовского пригласили на кафедру петербургской Медико-хирургической академии. В академии он начал преподавать хирургическую патологию, одновременно заведуя клиническим отделением военного госпиталя.
«…В академии, – писал профессор В. В. Кованов, – преподавательский талант Н. В. Склифосовского развернулся в полном блеске, и он скоро сделался одним из популярнейших профессоров. Но этого он достиг не сразу. Получить признание среди профессоров академии и расположить в свою пользу студентов было не так легко. Особенно трудно было вначале молодому профессору, не имевшему достаточного педагогического опыта, вступившему в состав преподавателей академии помимо желания многих ее членов. Плохо встретили его хирурги-клиницисты профессора Е. И. Богдановский, И. О. Корженевский, увидевшие в молодом, растущем хирурге своего конкурента. Сторонники старых традиций вопреки здравому смыслу, идя наперекор новому, прогрессивному веянию в хирургии, открыто выступили против введения противогнилостного метода лечения ран, который, как мы знаем, успешно в числе первых начал применять Н. В. Склифосовский. Выступая против Н. В. Склифосовского, являвшегося инициатором нового метода в России, они доходили иногда до неприличных выпадов. Так бывший в то время студентом, а позднее профессором А. С. Таубер в своих записках, изданных под псевдонимом А. Сталь, приводит случай, когда профессор Корженевский, хирург французской школы, заведовавший академической хирургической клиникой, на лекции студентам IV курса иронически говорил по поводу листеровского метода: „Не смешно ли, что такой крупный человек, как Склифосовский, боится таких мелких творений, как бактерии, которых он не видит!.“.
Военный опыт Склифосовского вновь был востребован в годы Балканской (1876) и русско-турецкой (1877–1878) кампаний.
В Черногории Склифосовский консультировал работу Красного креста.
Свои впечатления он изложил в большой работе, опубликованной в «Военно-медицинском журнале» под названием «Из наблюдений во время Славянской войны 1876 года».
В этой работе Склифосовский досконально проанализировал чрезвычайно актуальные проблемы организации транспортировки раненых, лечения огнестрельных повреждений и частной помощи на войне. Еще на франко-прусской войне он пришел к выводу, что лечение проникающих ранений грудной клетки следует производить на месте, не отправляя раненых в тыл. «При строго выжидательном лечении самое существенное требование должно состоять в том, чтобы эти раненые не транспортировались».
В русско-турецкой войне Склифосовский находился в первых рядах Дунайской армии. Он не только развертывал госпитали. Он сам не раз под пулями противника оказывал практическую помощь солдатам. Это была школа, которую невозможно было переоценить.
«Н. В. Склифосовский, – писал профессор В. В. Кованов, – заражал всех окружающих беспримерным трудолюбием, вселял в них бодрость и силу духа, заставлял безропотно переносить все тяжести и лишения фронтовой жизни. Очевидцы рассказывают, как этот по наружному виду элегантный и выхоленный статский генерал в безупречно чистом кителе способен был оставаться по несколько суток без пищи и без сна, находясь беспрерывно за операционным столом в перевязочной или в сортировочных отделениях головного госпиталя. Трогательны были заботы о нем врачей и медицинских сестер, подносивших ему во время работы то глоток вина, то кусок хлеба для поддержания сил. Большую помощь в работе оказывала ему жена, Софья Александровна, ухаживая за ранеными. Она была вместе с ним в продолжение всей компании, переносила все невзгоды походной жизни…»
Развивая взгляды великого русского хирурга Н. И. Пирогова, Склифосовский разработал принцип приближения медицинской помощи к месту боя, принцип «сберегательного лечения» огнестрельных ранений, и ввел в широкое употребление применение гипсовых повязок как средство иммобилизации при ранениях конечностей.
В 1880 году Склифосовский был избран заведующим факультетской хирургической клиникой медицинского факультета Московского университета.
Этой клиникой он заведовал четырнадцать лет.