Исторически связь науки и христианства более очевидна: новоевропейская наука возникла в лоне христианской культуры и история не знает другой науки, достигшей такой же степени развития, как и современная нам. За последние полтора столетия историки науки убедительно показали, что хотя первые зрелые плоды этой самой науки относятся к XVII веку, корни её, однако, лежат во времени гораздо дальше, в позднем Средневековье. Именно здесь христианскими учёными-схоластами было подготовлено всё необходимое для возникновения нового научного метода. Существенную роль в осмыслении генезиса новоевропейской науки сыграли труды замечательного французского физика, историка и философа науки П.Дюгема[149]. Он сумел обнаружить и убедительно показать существование целой цепи интеллектуальной преемственности: поздняя схоластика — Возрождение (особенно, труды Леонардо да Винчи) — Галилей, Декарт, Ньютон. История становления научного метода тесно связана с историей инкорпорирования в христианскую культуру наследия Аристотеля, чьи труды и, что важнее, чья методология стали для Западноевропейского мира как бы образцом научности. На Западе Аристотеля начинают переводить с арабского и греческого с конца XII века. В XIII столетии изучение аристотелевских трудов, его «Логики» и, в особенности, «Физики» становится нормой для факультетов искусств университетов Парижа, Оксфорда, Болоньи. Однако, философия Аристотеля содержала положения, которые не могли быть примирены с христианскими представлениями: тезис о вечном существовании космоса, отрицание бессмертия души, существования бесконечности и ряд других. Главное же состояло в том, что аристотелевская физика сталкивалась с христианским представлением о бесконечно могущественном Боге, способном сотворить по своей воле всё, что не содержит в себе логического противоречия, включая и то, что было невозможным с естественной (аристотелевской) точки зрения. Это двусмысленное положение (которое приводило, даже, к формулировке концепций «двойной истины», — Боэций из Дакии, Сигер Брабантский) не могло долго продолжаться. И действительно, начиная с 1210 года мы видим целый ряд постановлений церковных властей или осуждающих отдельные положения аристотелевской философии, или, вообще, запрещающие его изучение в университете. Решающее значение имело постановление Парижского епископа Етьена Тампье 1277 года, осуждавшее 219 положений, связанных с философией Аристотеля. Среди них были тезисы о вечности мира, о невозможности существования других миров, о невозможности существования вакуума, о невозможности существования акциденций без субстанций и др. С принятием этого осуждения интеллектуальный климат в университетах меняется. Истины аристотелевской физики уже не могут рассматриваться как истины в последней инстанции: божественное всемогущество может создать и невозможное с точки зрения натуральной философии — вакуум, множество миров, акциденции без субстанций и т. д. суждение 1277 года сокрушает аристотелевский метафизический догматизм и создаёт совершенно новые интеллектуальные возможности. Распространяется практика философских построений secundum imaginationem (согласно воображению), т. е. рассуждений, исходной посылкой которых были положения, утверждаемые на основании веры в божественное всемогущество (например, существование нескольких миров, вакуума и т. д.), а выводы из них делались согласно «естественному разуму». Эти рассуждения представляют собой как бы первые попытки умственных экспериментов, столь знакомые нам по физике XX столетия. Подобные спекулятивные построения постепенно вырабатывали современное представление о физической теории, как некой описательной схеме, более или менее «прилегающей» к реальности. Это представление характерно отличается от античного понимания теории. Для философии греков есть видение самой последней реальности, того что есть. В позднем же средневековье постепенно вырабатывается современное номиналистическое понимание: теория есть лишь более или менее удачная схема реальности, предсказания которой нужно проверять в эксперименте.