Наука, облекшись в доступную для всех форму, начала свое влияние на общество. В 1804 году открыто было четыре курса для московской публики, учреждены Общество истории и древностей, Общество испытателей природы, а в 1805 году — Общество соревнования медицины и физических наук, Институт хирургический, клинический и повивальный. В 1806 году Павел Григорьевич Демидов пожертвовал университету богатую библиотеку, кабинет естественной истории, древности и медали, оцененные в 300 тысяч рублей, и, сверх того, 120 тысяч рублей деньгами. Княгиня Е. Р. Дашкова пожертвовала богатейшее в тогдашнем ученом мире всей Европы собрание минералов — так что весь кабинет составлял 15 тысяч предметов.
В 1812 году, во время нашествия Наполеона, университет уничтожен неприятельским огнем со всеми учеными сокровищами вместе с библиотекой в 20 тысяч томов и гимназией, которая более при университете не возобновлялась. В 1819 году университет вновь отстроен на пожертвованные 500 тысяч рублей, а в 1826 году собрания университета благодаря пожертвованиям заключали в себе: библиотеку в 30 тысяч томов, гербарий с 21 тысячью растений, Ботанический сад с 2500 растений, химический кабинет с тысячью предметов, анатомический кабинет с 5 тысячами предметов, кабинет с 3700 монетами. По новому уставу 1835 года университетский курс продолжен на один год, отделения переименованы в факультеты, так что в 1837 году выпуска не было. Устав начал требовать от профессоров степени доктора; штатная сумма университета назначена в 454 200 рублей. В 1881 году университет расходует на содержание личного состава 240 тысяч рублей, на учебные и хозяйственные расходы — 159 тысяч рублей, на стипендии — 78 тысяч рублей. Благотворительного капитала при университете — 1 074 тысячи рублей. В настоящее время в старом здании университета находятся: Библиотека. Она заключает в себе 102 200 названий в 171 800 томах и 12 600 тетрадей.
Минералогический кабинет заключает в себе 14 500 минералов, горных пород и ископаемых. Особенно замечательны: аэролит в 10 фунтов весу, упавший в городе Пултуске 30 января 1868 года, камни, упавшие на землю в градинах в селе Куроедове Оренбургской губернии в 1848 году, кусок березы, проникнутый водной окисью железа, и многое другое.
Геологический кабинет заключает в себе 15 тысяч ископаемых, относящихся к 4200 видам. Есть подробные каталоги. Кабинет состоит из палеонтологических коллекций двоякого рода — иностранных и русских. Самые главные куплены в разных заграничных учреждениях: в Бонне, Париже, Лондоне. Замечательные коллекции: соленгофская, купленная в Баварии; ныне живущих раковин; девонских рыб, купленная в Англии; ископаемых фосфоритов, купленная во Франции. Иностранные ископаемые распределены на три большие группы. 1. Ископаемые, принадлежащие различным странам и расположенные по формациям от древнейших до новейших. 2. Ископаемые, относящиеся к известной формации и принадлежащие одной какой-либо стране. 3. Ископаемые в зоологическом порядке. Русские коллекции расположены по губерниям и в каждой из них по формациям.
Анатомический театр университета, построенный в 1878 году, помешается в двухэтажном доме, нижний этаж которого занят аудиторией, профессорским кабинетом и другими помещениями. В этом же этаже помещается и судебно-медицинское отделение. В верхнем этаже два обширных зала анатомического музея и комната для студенческих занятий по препаратам музея. Музей этот состоит из богатой коллекции учебных препаратов — сухих, сохраняемых в спирту, в скипидаре и в других жидкостях. По всем системам человеческого тела музей имеет знаменитые коллекции Лодера и Либеркюна; кроме того, обладает обширной коллекцией индивидуальных типов мозговых извилин (100 препаратов) профессора Зернова и его же коллекцией восковых моделей по названному предмету (20 моделей). Затем здесь находится богатая коллекция анатомии сосудов. Редкости: зубной ключ Петра Великого, фантом, по которому обучался анатомии император Александр II, и многое другое.
Кабинет изящных, искусств и древностей содержит 20 100 предметов, между коими монет и медалей 19 416, Устроен в теперешнем виде трудами профессора И. М. Леонтьева и состоит из двух отделений. Первое содержит собрание гипсовых слепков со знаменитых произведений античного искусства, каковы: Аполлон Бельведерский, Венера Милосская, Полевой Фавн, Зевс, Юнона и т. д. Это собрание увеличено покупкой значительного числа новых предметов в Берлине и выставлено, с сохранением исторического порядка, в двух залах. Второе отделение представляет замечательное собрание монет — русских, древнегреческих, римских, византийских и новейших европейских.
Ботанический кабинет. Имеет большой гербарий, где находится более 60 тысяч экземпляров высушенных растений. Интересны гербарии: Г. Ф. Гофмана, состоящий из 8800 видов, и Ф. Эргарта. Последний гербарий считается классическим, ибо составлен под руководством самого Линнея. За него заплачено 10 тысяч рублей. Кроме того, имеется гербарий Н. Н. Кауфмана и др.