В мае 1941 года с Шаубергером официально связались сотрудники гестапо и сообщили ему, что никто не будет препятствовать его работе, но в будущем он должен производить её в тайне. Но ещё до этого — судя по всему, в апреле или в мае 1941 года — произошёл неприятный эпизод: когда в компании «Кёртль» («Kertl») заканчивались работы по строительству летательного аппарата Шаубергера, его помощник произвёл несанкционированный испытательный полёт в тот момент, когда сам изобретатель на заводе отсутствовал. Во время этого испытания аппарат развил столь мощную подъёмную силу, что резко рванулся вверх и разбился о крышу ангара, повредив при этом и само здание.
В своих письмах того периода Шаубергер упоминает, что работа в компании «Кёртль» (как предполагает Ник Кук, связанная с ремонтом разбившегося аппарата) идёт «так медленно, словно кто-то нарочно пытается её затормозить». Тогда же Шаубергер пишет, что к нему пришло осознание горького факта: Хейнкель украл его идеи. При этом Шаубергер признался, что его «осведомителем» по телодвижениям Хейнкеля был сотрудник «тайной полиции»: этими словами Шаубергер всегда обозначал СС.
Вскоре после встречи с сотрудниками гестапо (которые, как полагает Ник Кук, вполне могли оказаться и офицерами СС, работавшими под прикрытием) Виктор Шаубергер пишет своему сыну Вальтеру, что он находится в небольшом городке Габлонец и что его работа «держится в секрете». Сегодня это — чешский город Яблонец-над-Ниссоу, находящийся примерно в 70 километрах северо-восточнее Праги, практически на стыке современных границ ФРГ, Польши и Чехии.
Летом 1941 года в письме к своему сыну Шаубергер сообщил, что договорился с одной фабрикой в Судетах, которая будет заниматься секретными исследованиями. Скорее всего, речь шла о фабрике, расположенной именно в Габлонце, который располагался как раз между двумя основными центрами, в которых были начаты работы по созданию «летающих тарелок» Третьего рейха — Прагой и Бреслау (Вроцлавом).
В начале 1942 года Шаубергер прибыл на завод «Мессершмитт», расположенный в баварском городе Аугсбург, где продолжил работы по доведению «Репульсина» до полной готовности.
Понятно, почему это произошло: из переписки Шаубергера, как указывает Ник Кук, стало ясно, что работы в компании «Кёртль» прекратились, потому что там так и не смогли отремонтировать повреждённую машину.
Создание летательного аппарата на мощностях завода «Мессершмитт» также закончилось печально. Из дневниковых записей и писем Шаубергера стало известно, что вскоре после запуска собранного образца, как только была достигнута максимальная скорость вращения турбины двигателя, произошло… «расплавление». Возможно, это произошло из-за нестандартных методов отливки либо из-за использования низкокачественных сплавов при создании турбины. Шаубергеру по вполне понятным причинам начинает казаться, будто кто-то отдал приказ о полном прекращении работ по созданию летательного аппарата его конструкции.
У Шаубергера и в самом деле имелись основания так думать. Вскоре после того, как был разрушен второй аппарат, собранный на заводе «Мессершмитт» в Аугсбурге, компания «Эрнст Кубижнак» («Ernst Kubiznak»), расположенная в Вене, получила личную директиву Адольфа Гитлера отремонтировать устройство Шаубергера, но… Но, как и в случае с компанией «Кёртль», дело так и не сдвинулось с мёртвой точки.
Почти на год работы были приостановлены. А в апреле 1944 года Виктор Шаубергер получил военную повестку от СС. В июне того же года он направился в Бреслау. Формально — для того, чтобы присоединиться к танковой дивизии СС. Но за месяц до прибытия в Бреслау Шаубергер получил приказ набрать из концлагеря Маутхаузен (он был расположен в 1938–1945 годах около одноимённого города на севере Австрии, рядом с городом Линц) учёных для воплощения в жизнь всех пяти (!) его проектов.
В дневниковых записях Виктора Шаубергера Ник Кук нашёл этому подтверждение: Шаубергеру тогда казалось, будто руководство СС хотело, чтобы он прекратил «дурачиться с моделями и начал серьёзную работу».
Предположения Виктора Шаубергера были небеспочвенны. К июню 1944 года СС очень сильно проникло в германскую секретную промышленность, вытесняя оттуда ставленников люфтваффе и вермахта. А вскоре после покушения на Гитлера — 6 августа 1944 года — рейхсфюрер СС Генрих Гиммлер был назначен (с сохранением прежних должностей) на пост имперского министра вооружений и боеприпасов.
Судя по всему, речь шла о скорейшем доведении до стадии работающих моделей всех имевшихся на тот момент технологических разработок с последующей эвакуацией людей, технологий и самих технических новинок за пределы Германии: не позднее весны 1944 года в Германии начал реализовываться «Генеральный план — 1945». Причём многие исследователи полагают, что эвакуационный план курировался в том числе и Мартином Борманом.