Другой проблемой, возникшей в ходе ударов Фау-2, была защита подземных коммуникаций, и прежде всего метро, где население укрывалось при воздушных тревогах. В отличие от Фау-1, баллистические ракеты при взрыве образовывали глубокую воронку и причиняли повреждения линиям подземных электрокабелей, водопровода, газопровода и т. п. Поэтому существовала опасность затопления метрополитена в случае попадания ракеты в тоннели, проложенные подо дном Темзы. В связи с этим командование английской ПВО в январе 1945 г. ввело оповещение пассажирской службы Лондона об обнаружении ракет, чтобы своевременно подавать команды на перекрытие подводных тоннелей метро. К этому времени уже имелся опыт обнаружения Фау-2. В январе — марте 1945 г. пассажирская служба Лондона получила 228 оповещений об обнаруженных ракетах. Из них только восемь были ложными и лишь три ракеты разорвались в городе без оповещения пассажирской службы. Ликвидация последствий ударов Фау-2 имела те же особенности, что и во время налетов Фау-1. Дополнительная эвакуация жителей из Лондона не проводилась.
В целом борьба с баллистическими ракетами Фау-2 потребовала от английского военного командования значительных усилий и отвлекла на длительное время большие силы ВВС и ПВО.
Много сил и энергии требовало и продолжение борьбы с налетами крылатых ракет. К осени 1944 г., когда немцы перешли к применению Фау-1 с самолетов, английская ПВО имела сильную группировку сил и средств, прикрывающую основные объекты Южной Англии и особенно Лондон и оснащенную лучшей по тому времени техникой и вооружением[29].
За лето 1944 г. ПВО Англии и ВВС союзников накопили опыт уничтожения Фау-1, действовавших с наземных позиций во Франции. Однако борьба с крылатыми ракетами, запускавшимися с самолетов, имела ряд особенностей. Во-первых, главным направлением боевых действий ПВО Англии стало северо-восточное, где не имелось заблаговременно созданной системы противовоздушной обороны, приспособленной для отражения Фау-1. Во-вторых, средствам ПВО приходилось бороться не только с крылатыми ракетами, но и с самолетами-носителями, что было весьма сложным делом. В-третьих, боевые действия велись главным образом ночью и против низколетящих целей. В-четвертых, применение самолетов-носителей и усовершенствованных Фау-1, запускавшихся с наземных позиций (в марте 1945 г.), потребовало значительных усилий авиации на разведку и бомбардировку аэродромов базирования «Хе-111», а в дальнейшем наземных пусковых установок в Голландии.
Начавшиеся в сентябре 1944 г. удары Фау-1 с северо- восточного направления заставили английское военное командование спешно создать новые рубежи системы ПВО между устьем Темзы и заливом Уош. К середине сентября на участке Рочестер — Грейт Ярмут было развернуто 70 зенитных артиллерийских дивизионов в полосе глубиной 5 км (около 1 тыс. зенитных орудий, в том числе 500 тяжелых). Перед зоной огня зенитной артиллерии был организован рубеж патрулирования ночных истребителей «Москито», а позади нее создан еще один рубеж патрулирования истребителей, где действовали преимущественно скоростные самолеты «Темпест».
Наибольшую трудность представляла борьба с самолетами-носителями Фау-1, действовавшими на малых высотах. Береговые радиолокационные станции наблюдения не обнаруживали самолеты-носители, а бортовые локаторы ночных истребителей работали ненадежно. По этой же причине крайне осложнялось и наведение истребителей на цель, так как станции наведения истребителей не видели цели, следовавшей над морем на малой высоте. Попытки применить для борьбы с низколетящими «Хе-111» метод наведения истребителей с радиолокаторов, установленных на кораблях или специальных самолетах, долго не имели успеха и начали оправдывать себя лишь к началу 1945 г.
Сложнее, чем на первом этапе, была борьба и с самими крылатыми ракетами. Фау-1 запускались с самолетов ночью и следовали к объектам ударов на высотах порядка 300 м. Это затрудняло их обнаружение и осложняло действия зенитной артиллерии, так как оборудование управления огнем зенитных орудий при малых углах возвышения пушек еще только осваивалось. Большой помехой для действий средств ПВО было то, что позади вновь созданной зенитно-артиллерийской зоны находился основной район базирования американской и английской бомбардировочной авиации. Частые пролеты бомбардировщиков через зону ПВО ограничивали свободу действий зенитной артиллерии, создавали трудности в обнаружении и проводке целей.
Для истребителей основная проблема заключалась в том, что в ночных условиях, несмотря на яркий факел реактивной струи Фау-1, трудно было определить дистанцию до цели. Простейший дальномер, предложенный изобретателем Т. Мертоном, оказал некоторую помощь летчикам, однако важнейшим фактором успеха продолжали оставаться опыт и личное мастерство летчика. Для повышения эффективности истребителей была организована глубокая прожекторная зона. Прожектора освещали летящую Фау-1 на значительном участке ее полета, и это позволяло истребителям увереннее атаковать крылатые ракеты.