«Диалог» произвел на современников такое сильное впечатление, что стал книжной сенсацией, заинтересовав даже далеких от науки людей. Выход книги вызвал такое негодование среди церковников и в кругу приверженцев университетской науки, что в 1633 г. над Галилеем был учинен судебный процесс. Инквизиция объявила его «сильно заподозренным в ереси» и заставила публично по тексту, составленному Инквизицией, отказаться от гипотезы Коперника. Это спасло Галилею жизнь. На «Диалог» был наложен запрет. Галилей был объявлен «узником Инквизиции», и он вынужден был жить сначала в Риме, а затем в Арчетри, близ Флоренции.
Хотя Галилею так и не удалось найти строгого доказательства движения Земли (кстати, он и сам это осознавал), но, тем не менее, он с подлинной научной методичностью устранил все препятствия на пути признания системы Коперника. Так как продолжать открыто коперниковскую программу было невозможно, то Галилей решает систематизировать результаты своих исследований в области динамики, которые, по его мнению, имели даже большее «коперниковское» значение, чем его предыдущие работы.
Воодушевленный друзьями и учениками, которые остались ему верны и после осуждения, он осуществил эту работу, дав ей название «Беседы и математические доказательства, касающиеся двух новых отраслей науки» (1638).
Стоит ли осуждать Галилея за отречение? Ведь именно благодаря отречению появилась эта великая книга, открывшая дорогу «Началам» Ньютона.
В 1637 г. Галилей полностью ослеп, но, несмотря на это, он, благодаря помощи друзей и пламенно преданных учеников, продолжил свою научную деятельность, сохраняя при этом необычайную силу духа, искренность и открытость в общении. Вплоть до конца 1641 г. здоровье ученого продолжало ухудшаться. Постепенно он становился слабее и было ясно, что конец приближается. Вот что писал некоторое время спустя молодой ученик Галилея Винченцо Вивиани, который вместе со своим сыном и Эванджелистом Торричелли, другими учениками находился у ложа Галилея в момент его смерти: «В среду 8 января 1642 года от Воплощения в четыре часа утра в возрасте семидесяти семи лет, десяти месяцев и двадцати дней с философским постоянством и христианской верностью он [Галилей] отдал свою душу Творцу, направив ее вдаль для того, чтобы, как нам хочется верить, ближе наслаждаться теми удивительными вечными и неизменными чудесами, которые эта душа, обуреваемая желанием и нетерпением, пыталась представить нашим смертным очам с помощью несовершенных средств».
Однако отношение церкви к ученому и после его смерти оставалось резко отрицательным. Лишь спустя почти 100 лет Святейшее Учреждение дало разрешение на сооружение надгробного памятника при условии, что содержание надписи будет сообщено заранее. В 1737 г. в знаменитой капелле Санта-Кроче во Флоренции, недалеко от могил Микеланджело и Макиавелли, было установлено надгробие Галилея, выполненное на средства, завещанные на это Винченцо Вивиани. Сам факт, что Святейшее Учреждение не воспрепятствовало воздвижению памятника, а также одобрило надпись на нем, свидетельствует о том, что за прошедшее время церковные власти вынуждены были изменить свое отношение к теории Коперника. Новая философия природы, основание которой заложил в своих трудах Галилей, была в дальнейшем развита и завершена Исааком Ньютоном в его великом труде «
Помимо астрономических открытий человечество обязано Галилею двумя принципами механики, сыгравшими большую роль в развитии не только механики, но и всей физики: это известный галилеевский принцип относительности для прямолинейного, равномерного движения и принцип постоянства ускорения силы тяжести. Именно исходя из галилеевского принципа относительности, Исаак Ньютон пришел к понятию инерциальной системы отсчета, а второй принцип, связанный со свободным падением тел, привел его к понятию инертной и тяжелой массы.
Галилей установил закон инерции; законы свободного падения; движения тела по наклонной плоскости и тела, брошенного под углом к горизонту; открыл закон сложения движений и закон постоянства периода колебания маятника (явление изохронизма).