Его точка зрения против конкордата и войны во Вьетнаме, как и солидарность с участниками стачек и забастовок рабочих в 1969 году, обеспечила дону Францони неприкрытую враждебность Ватикана. Мало того: в июне 1973 года своим пастырским посланием "Земля Господа" он разоблачает тайный сговор ватиканских кругов со строительными спекулянтами в Риме. Немного погодя он складывает с себя полномочия аббата, но многие верующие не покидают его, прокладывая тем самым собственную дорогу к Богу — так рождается церковная община.
В 1974 году дон Францони заявляет, что выступает за свободное голосование католиков на референдуме по вопросу разводов. Большинством голосов (около 60 процентов) это право граждан было подтверждено. 27 апреля дон Амброджо Порку, прокуратор бенедиктинцев, уведомляет дона Францони о временном отстранении от должности
По случаю электоральной кампании 1976 года экс-аббат заявляет о намерении голосовать за компартию Италии. 2 августа того же года его официально лишают духовного сана — он становится мирянином, причем в специальном декрете кардинал Полетти мотивирует это тем "сильнейшим волнением, которое поведение дона Францони спровоцировало и продолжает вызывать в католической пастве"; его "повторяющимися актами неповиновения", а также отказом в течение двух лет после отстранения
Ответ Францони лаконичен и сух: "В лоне церкви нас оттеснили на задний план, изгнали и подвергли подозрениям; мы вернемся туда во всей полноте должностей, титулов и полномочий, лишь когда церковь перестанет навязывать нам политический выбор, диктуя отказ от наших идей… Мы вновь станем частью церкви, мы одни, преследуемые священники, но приведем с собой товарищей, повстречавшихся за эти годы в битвах на фабриках и полях, в квартальных стычках и акциях солидарности с народами третьего мира. И когда в церкви мы сможем быть все вместе, во весь голос провозглашая наши политические взгляды, тогда и на нашей улице будет праздник".
В феврале 2007 года "настойчивый интервентизм итальянской Епископальной конференции", возглавляемой кардиналом Камилло Руини и ориентированной на противодействие проекту закона о правах сожительствующих вне брака пар (Dico) подтолкнул общину Сан-Паоло вмешаться в ситуацию и опубликовать открытое письмо к итальянской католической церкви (Possumus, Lettera aperta alia Chiesa cattolica italiana), "оппозиционное той линии, что проводится католической иерархией": "Мы убеждены, что ни одна церковь или религия не могут указывать гражданам и парламенту верную интерпретацию естественного закона. Впрочем, в таком русле римская церковь уже не раз противоречила самой себе в ходе исторического развития и может совершить эту ошибку сегодня. Ее миссия, плечом к плечу с церквами-сестрами, — возвещать Евангелие Христово… Будучи благочестивыми католиками и по соображениям теологического свойства, мы объявляем о нашем откровенном несогласии с позицией, занятой Епископальной конференцией, которая, по нашему мнению, далека от евангельских принципов".
Твердое сопротивление официальной политике церкви не изолировало общину Сан-Паоло. Напротив, противодействие наставлениям Ватикана в сфере брачных отношений фактически сплотило вокруг нее все базовые христианские ячейки. 20 марта 2007 года национальный секретариат христианских общин издает документ, который стоит прочесть хотя бы частично: