Важно отметить ещё одно обстоятельство — царь не пожелал лично объясниться с супругой. Будучи в составе Великого посольства в Европе, Пётр поручает своим родственникам, боярам Льву Нарышкину и Тихону Стрешневу, уговорить царицу добровольно уйти в монастырь. О том же он написал и её духовнику. План государя был прост — во время его пребывания за границей жена «добровольно» уходит в монастырь и он оказывается свободным от семейных уз без малейшего ущерба для своей репутации. Решение на первый взгляд простое и изящное, но оно является показателем весьма легкомысленного отношения Петра к династическим вопросам. Ведь в случае ухода царицы в монастырь сразу же возникает несколько проблем: кто будет заниматься воспитанием наследника? Что будет с государством, если наследник умрёт? Последнюю возможность нельзя было исключать, так как детская смертность в то время была весьма высока: так, отец Петра Алексей Михайлович пережил трёх из шести своих сыновей. Да и из троих детей Петра и Евдокии выжил только Алексей.
Вернувшись в Россию в 1698 году, Пётр, помимо прочих дел, нашёл время на долгий, четырёхчасовой разговор с женой, во время которого снова пытался уговорить её уйти в монастырь. Отстаивая свои права, Евдокия проявила «недюжинную твёрдость», а в качестве одного из аргументов указывала на необходимость воспитания Алексея. Однако царь был неумолим и, так и не добившись согласия супруги, сослал её в Суздальский Спасо-Евфимиев монастырь, где условия её содержания были на первых порах весьма суровыми.
Таким образом, Пётр снова поставил страну на грань династического кризиса — в течение 14 лет (с 1698 по 1712 год) царь не был женат, и, случись что с Алексеем, страна бы осталась без наследника. И всё из-за чего? Из-за каприза монарха, который так и не смог построить нормальную семейную жизнь.
К моменту развода родителей Алексею было уже 8 лет, возраст достаточный, чтобы осознавать происходящее и сделать свой выбор, кто прав, а кто нет. До этого времени Алексей жил с матерью, которая о нём заботилась и к которой он был нежно привязан. Отца же видел редко, и отец не проявлял к нему особого интереса. Даже после ссылки матери в монастырь он не взял сына к себе, а поручал его разным людям, порой не всегда хорошо справлявшимся со своими обязанностями.
Образование царевича началось в шестилетнем возрасте, когда к нему был приставлен учитель Никифор Константинович Вяземский. «Человек не слишком образованный, не располагавший способностью внушить к себе уважение, не владевший педагогическими навыками, но честно относившийся к своим обязанностям и справедливо считавший, что его знаний достаточно, чтобы научить наследника читать и писать». Этот персонаж чем-то напоминал учителя его отца — Никиту Зотова, но был лишён многих достоинств последнего. Подобно тому как Зотов до конца своих дней оставался доверенным человеком Петра, так и Никифор Вяземский весьма долгое время сохранял расположение царевича.
Надо отметить, что сам Пётр так и не получил в детстве нормального образования: «После прихода к власти царевны Софьи его воспитание было совершенно заброшено. Учителя, Никиту Моисеевича Зотова, от него удалили; другого ему не дали; он проводил время в потехах, окружённый ровесниками без всяких дельных занятий: такая жизнь, конечно, испортила бы и изуродовала всякую другую натуру, менее даровитую. На Петра она положила только тот отпечаток, что он, как сам после сознавался, не получил в отроческих летах тех сведений, которые необходимы для прочного образования. Через это небрежение Петру приходилось учиться многому уже в зрелом возрасте. Сверх того, проведённое таким образом отрочество лишило его той выдержки характера в обращении с людьми, которая составляет признак образованного человека». Этим обстоятельством царь-реформатор разительно отличался от своих предшественников на троне — царя Фёдора Алексеевича, чьим учителем был великий Симеон Полоцкий. Не получил Пётр и личного опыта семейного воспитания. Рано лишившийся отца, он плохо представлял себе, как надо воспитывать сына, и не придавал этому особого значения.
Желая видеть сына воспитанным и образованным на европейский манер, Пётр нанял ему учителя-иностранца. Выбор, однако, оказался неудачным — немецкий учитель Нейгебауэр был человеком заносчивым, грубым и малокомпетентным. Он с таким презрением относился ко всему русскому, что умудрился на этой почве задеть самого царя, который, как известно, был весьма расположен к иноземцам. Так что Нейгебауэр недолго был учителем царевича и вскоре был выставлен из России.