После видения старец отказался от помощи земных врачей, вверяя свое здоровье Врачу Небесному. Делать было нечего, — отца Серафима оставили в покое, уважая его терпение и удивляясь силе и крепости его веры. В течение четырех часов после благодатного посещения он пребывал в чрезвычайной духовной радости.
Потом успокоился, вошел в свое обычное состояние, почувствовав ощутимое облегчение от болезни. Батюшка встал с постели, к вечеру поел. С того дня он начал поправляться, но следы этого происшествия остались на нем навсегда. Еще раньше во время рубки леса батюшку придавило упавшим деревом, и если в молодости он был прямым и стройным, то теперь согнулся. От побоев же разбойников он еще больше сгорбился и не мог ходить иначе, как опираясь на палку или топорик. Так и изображается святой на некоторых иконах.
Обидчики подвижника были найдены. Ими оказались крепостные одного помещика из соседнего уезда. Отец Серафим просил настоятеля не преследовать их, о том же писал и помещику. Все настаивали на наказании. Тогда отец Серафим объявил, что в таком случае он оставит Саров и уйдет в другое место. Батюшка предоставил отмщение Господу. Гнев Божий действительно настиг крестьян. В скором времени огонь истребил их жилища. Тогда, раскаявшись, они пришли к отцу Серафиму и просили у него прощения.
Пробыв пять месяцев в монастыре, страдалец снова ушел в свою любимую пустыньку.
В 1807 году скончался второй со времени поступления отца Серафима в монастырь настоятель отец Исайя. Они были связаны истинно братской любовью и близки духом. Когда отец Исайя был бодр и здоров, то сам ходил в пустыньку к подвижнику, дорожа его беседами. В последний год настоятель по болезни сложил с себя звание, и по общему желанию братии жребий пал на отца Серафима. И на этот раз он отказался от предлагаемой чести. В настоятели был избран казначей Нифонт. А отец Исайя, доживая последние месяцы, не мог отказать себе в духовном утешении от беседы с отцом Серафимом, и братия возила его в тележке в пустынь к отшельнику.
Кончина отца Исайи тяжело отразилась на батюшке Серафиме. Три любимых старца, из которых отец Пахомий и отец Иосиф руководили его первыми иноческими шагами, лежали в могилах. Он сам уже прожил полвека. И новое поколение иноков не могло дать его привязчивой душе того, что давало общение с тремя духоносными старцами. Как ни ограничивал отец Серафим своего общения с миром, но с уходом из жизни этих людей он точно осиротел.
Печаль души своей, которая не должна брать верха над человеком, отец Серафим решил смирить новым подвигом — молчальничеством. Он более не выходил из кельи, если кто-то навещал его. Встречаясь с кем-нибудь в лесу, падал лицом к земле и не вставал, пока не уходили от него, перестал даже ходить в монастырь по праздникам. Раз в неделю послушник приносил ему из Сарова пищу. Это было трудное послушание, особенно зимой, когда к келье батюшки дороги не было, приходилось брести по сугробам с тяжелой котомкой.
Но не было недовольных: взглянуть на молчальника почитали за честь. Послушник подходил к келье, произносил Иисусову молитву, а старец, отвечая про себя «аминь», отворял дверь сеней и ждал, опустив глаза в пол, когда пришедший выложит еду в специальный лоточек, на котором уже лежал или маленький кусочек хлеба, или щепотка капусты, обозначавшие то, что нужно принести в следующий раз. Послушник уходил, так и не услышав голоса старца.
Таково было внешнее выражение молчальничества. Значение же и сущность его состояли не в наружном удалении от общения, но в безмолвии ума, в отречении от всяких житейских помыслов для чистейшего посвящения себя Богу.
Подвиг молчальничества продолжался более трех лет. К нему отец Серафим присоединил и еще один из самых труднейших, на который и в древности решались весьма немногие подвижники и который казался невыносимо тяжек в последующие времена. То было столпничество.
На полпути от кельи к монастырю лежала громадная гранитная скала. На эту скалу отец Серафим стал восходить при наступлении всякой ночи. Он молился или на коленях, или стоя, воздев руки вверх и взывая словами мытаревой молитвы: «Боже, милостив буди мне, грешному!» В келье своей он поставил другой небольшой камень и в том же положении молился на нем весь день, сходя с него только для краткого отдыха и принятия пищи. В этом великом подвиге отец Серафим провел тысячу дней и тысячу ночей.
Чем вызван был такого рода подвиг? Подвижника стали одолевать хульные помыслы: худые мысли против тех святынь, которым он поклонялся с детства, которые вызывали страшное, томящее чувство, что Бога нет. Откуда сие? Может, вся предыдущая аскетическая жизнь была напрасна? Отнюдь нет.