Таким образом, система превратила нас в «оппозицию» республиканскому руководству, так как, будучи профессиональными военными, мы не могли выполнять все решения ВК, ведь за нашими действиями стояли живые люди. Это упущение, а также многие некомпетентные с военной точки зрения решения ВК Главный штаб сглаживал односторонней, собственной зависимостью от ВК.
… С ГШ непосредственно были связаны командования шести корпусов сухопутных войск (КСВ), командование ВВС и ПВО, Центр военноучебных заведений, приштабные подразделения (охранный полк, гвардейская бригада и полк связи) и командование четырёх тыловых баз (Банялучской, Биелинской, Сараевской и Герцеговинской). Большинство корпусов создано с опорой на командование корпусов бывшей ЮНА, оказавшихся на сербской территории.
Ещё в мирное время в СФРЮ существовали военные планы, предусматривающие вывод командования и воинских частей из городов в безопасные места, чтобы защитить военнослужащих и чтобы гражданское население не пострадало от действий противника по военным целям. Так, остатки командования 2-го ВО были выведены в Црна-Риеку под Хан-Пиеском, где и был сформирован ГШ.
Командование 5-м корпусом ЮНА, переименованное в командование 1-м Краинским корпусом АРС, могло не покидать Баня-Луку, так как военные объекты этого города не подвергались атакам. Однако из-за прошлых действий ЮНА в зоне этого корпуса (западная Славония) и это командование было переведено в Стара-Градишку, где его и застаёт военная реформа.
2-й Краинский корпус создаётся путем слияния частей 9-го корпуса ЮНА, выведенного из Книна (по плану Вэнса), и 10-го корпуса, выведенного из Загреба. Командование 2-го Краинского корпуса — временно размещается в селе Крнеуша на Грмече, затем — в Дрваре, где и остаётся до 1995 г., когда под натиском хорватов в военной операции «Олуя» перемещается на Оштрель, а затем в Сански-Мост, где корпус и прекращает своё существование.
В начале нападения мусульман на военные объекты в районе Тузлы, командование 17-го корпуса ЮНА выводится в Углевик, а с созданием АРС переезжает в Биелину, где и остаётся до конца войны. Оно переименовывается в командование Восточно-Боснийского корпуса и является единственным подразделением, всю войну имевшем в названии определение «боснийский».
Командование 4-го корпуса ЮНА, из-за уже описанных нападений мусульман и хорватов на военные объекты вокруг Сараево, временно выведено из деревни Тврдимичи на Требевиче, а после создания АРС переименовано в командование Сараевско-Романийского корпуса и возвращено в Лукавицу, где и пробыло всю войну.
В соответствии с соглашением, командование 13-го корпуса ЮНА с частью своих войск выведено из Риеки (Хорватия) и дислоцировано в Билече. Оно переименовано в командование Герцеговинского корпуса, и в Билече остаётся не только до конца войны, но и несколько лет после её окончания. Для непосредственного командования южным (Дубровницким) фронтом создаётся передовой командный пункт (ПКП) в поселке Ластва возле Требине.
Из-за постоянных нападений мусульманских военизированных формирований и так называемой Армии БиГ на деревни, города и коммуникации в среднем Подринье (область вокруг реки Дрины), появилась необходимость в создании в этом регионе ещё одного — шестого — армейского корпуса. Таким образом, 1 ноября 1992 г. был сформирован Дринский корпус АРС со штабом во Власенице, где он и оставался до первой послевоенной реорганизации армии 1996 г., когда он выходит из игры.
Командование ВВС и ПВО было сформировано в Баня-Луке и всю войну там оставалось. Авиация, вертолеты и авиационные базы располагались на аэродромах Маховляни под Лакташами и Залужани возле Баня-Луки, а небольшая часть этих сил — на дополнительном аэродроме под Гламочем.
Центр военно-учебных заведений был создан осенью 1993 г. с целью подготовки сержантского и младшего офицерского состава, понёсшего в этой войне большие потери.
По некоторым оценкам ГШ наши потери офицерского состава составили 38 % от общих потерь АРС, а по каким-то мировым эмпирическим нормам они должны быть около 8 %. В боях мы потеряли трёх генералов и 29 полковников и подполковников — командиров бригад.