После испытаний 1812 г., выпавших на долю Москвы и Кремля, церковь, по сравнению с другими строениями, пострадала незначительно и в ней нашли приют бездомные и безместные попы. Управляющий Московской епархией просил начальника Кремлевской экспедиции князя Н.Б. Юсупова определить, что надо сделать для поправления этой церкви, и позднее ее отремонтировали. Тогда же открыли основание древнего деревянного строения, которое посчитали жилищем митрополита Петра.
При постройке новых зданий при Николае I – Большого Кремлевского дворца и Оружейной палаты – оказалось, что древняя церковь помешала еще одному ревнителю порядка, на этот раз самому императору. Ему не хотелось видеть такое неприглядное здание рядом с новыми, с иголочки, величественными, по его мнению, строениями, и церковь была приговорена к уничтожению: Николай, осматривая новые постройки, повелел «церковь Св. Уара перенести в башню Боровицких ворот; ныне же существующее ее строение разобрать». Чтобы как-то утихомирить приверженцев старины, вице-президент Дворцовой конторы сообщил министру императорского двора следующее: «Находящуюся в Кремле церковь во имя св. Иоанна Предтечи Высочайше повелено сломать и перевести в Боровицкую башню. А как этот храм принадлежит к первейшим московским древностям, то, дабы совершенно отстранить все могущие возникнуть по сему предмету в народе разнаго рода толки, я полагал бы на стене башни, обращенной ко дворцу, сделать на особо вделанных камнях надписи, объясняющие причину сего перенесения. Высокопреосвященнейший Филарет, митрополит Московский, одобрив с своей стороны эту мысль, составил две надписи, одна из них поместится на правой стороне наружнаго портика устроенной в башне церкви, а другая – под верхним крестом. Крест над портиком поставится тот же самый, который находится ныне над приделом Св. мученика Уара, а вверху над храмом – во имя святаго».
Известный в XIX в. духовный писатель А.Н. Муравьев вспоминал, как «всячески старался спасти древний храм» – он не мог примириться с надругательством над древностью и святыней московской. Муравьев обратился за содействием к митрополиту Филарету и близкому ко двору сановнику князю С.М. Голицыну. От Филарета, который, казалось бы, обязан был заботиться о сохранении церковной древности, он получил отповедь: «…я покланяюсь древним иконам и прочей святыне, а не разседшимся камням Василия Темнаго», а обращение к Голицыну ничем не кончилось, ибо «двор был заграницею, и слишком скоро исполнилось данное повеление».
При сносе церкви обнаружилось, что под жертвенником оказались кости животных (лошадиная голова, голени быка и коровы) – вероятно, на этом месте было языческое святилище с жертвоприношениями. Ведь известно, что христианские церкви при насильственном обращении местного населения ставились именно на месте разрушаемых языческих храмов, а день памяти Иоанна Предтечи намеренно отмечался на Ивана Купалу, главный языческий, самый веселый и разгульный день в году.
Церковь в 1847 г. снесли, иконостас перенесли в Боровицкую башню, где он страдал от сырости и, по сути дела, никем не был видим. Филарет освятил новое помещение церкви 2 мая 1848 г. и произнес проповедь в оправдание разрушителям.
У входа со стороны Кремля поставили крыльцо с каменным шатром, выше которого прикрепили подлинный крест, снятый с церкви, и две мемориальных доски, повествующие о переносе церкви.
В советское время никаких следов – ни надписей, ни креста – от бывшей там церкви не осталось.
При том же Валуеве снесли подворье Троице-Сергиева монастыря и Годуновский дворец у Троицкой башни и на освободившемся месте выстроили здание для размещения сокровищ Оружейной палаты, которые ютились в нескольких малоприспособленных и тесных помещениях – только в 1485 г. выстроили двухэтажное здание на Соборной площади между Архангельским и Благовещенским соборами, но и оно со временем оказалось тесным.
Новое здание Оружейной палаты построено в 1806–1809 гг. (отделка продолжалась до середины 1812 г.) по проекту талантливого архитектора И.В. Еготова, автора таких шедевров классицизма, как здания Военного госпиталя в Лефортове, усадьба Дурасова в Люблине и др. Новое здание явилось заключительным аккордом образования классического кремлевского ансамбля у Никольской башни, состоявшего из здания Сената, Арсенала и Оружейной палаты. Как писали тогда, «конечно, по важности сего хранилища древностей отечественных в Москве нет здания другого ему равного: кажется с сим согласовался и архитектор, сочиняя план сего Музея – какой величественный вид! Главный фасад обращен к Никольским воротам на площадь, окруженную Сенатом и Арсеналом, – самое соседство сих двух зданий придает важность нашей Оружейной Палате – Оружие и Закон ограждают путь к Святилищу славы наших предков».