В Орде он был торжественно встречен, введен в царские покои, там совершил молебен, возжег чудесную свечу, окропил глаза царицы святой водой, и… чудо свершилось – Тайдула прозрела. Все получили богатые дары, а митрополиту был подарен ордынский посольский (по другим источникам – конюшенный) двор в Кремле, где он устроил монастырь, а в 1365 г., как повествует летописец, «пресвященный Алексий, митрополит всея Руси, заложи церковь камену во имя святого архангела Михаила, честного его чуда, бывшаго в Хонех» (можно предполагать, что чудесное выздоровление Тайдулы произошло 6 сентября, в день празднования Чуда Архангела Михаила). Но вероятнее всего, что посвящение церкви определялось самим смыслом чуда, совершенного архангелом Михаилом, защитившим христианский храм от пытавшихся разрушить его язычников. Он явился с неба и остановил воды, направленные язычниками на храм, потом прорубил ущелье и увел воды туда. Отсюда название места – Хони, то есть погружение, потому что там воды погрузились в каменное ущелье. Митрополит Алексий этим посвящением подчеркивал значение сохранения православной церкви как оплота Московского государства. Церковь эта «милостию же Божиею и помощию святаго архаггела Михаила единаго лета и почата, и кончана, и священа бысть». Митрополит украсил новую церковь «и подписью, и иконами, и книгами, и златыми сосудами».
Сам митрополит Алексий скончался в 1378 г. и завещал положить его у алтарей построенной им церкви, но Дмитрий Донской не выполнил его волю и церковь простояла недолго – уже в 1431 г. во время службы «церковный верх… от ветхости весьма обвалился». Старый храм – одноглавый, с покрытием по трем закомарам – разобрали и выстроили новый, а во время подготовки фундамента нашли в земле нетленные мощи митрополита Алексия, которые и доныне сохраняются, но теперь уже не в Кремле, а в церкви Богоявления Господня, что в Елохове.
Новая церковь была меньше первоначальной, «обаче [однако] высока и зело пространна и прекрасна», но и она простояла не так долго. Великий князь Иван III Васильевич в 1501 г. указал разобрать обветшавшую церковь и построить новую. Через два года, в тот же день, 6 сентября, в день празднования Чуда в Хонех, церковь была торжественно освящена. Возможно, что ее, как и строившийся примерно в то же время Архангельский собор, возводили итальянские архитекторы. Считают, что неизвестный архитектор, создавший Чудовский собор, владел приемами итальянского Возрождения с таким же мастерством, как и Алевиз Новый.
Сам храм был очень красивым, его стройный и пропорциональный четверик украшен изящными декоративными элементами, несущими черты как ранней московской архитектуры, так и более поздних исканий. Капитальная «История русского искусства» так отозвалась об этом храме: «Собор Чудова монастыря был одним из тех первых памятников XVI в., в которых с наибольшей полнотой сказались черты новой московской архитектуры… В нем с наибольшим совершенством оказались использованными новые архитектурные формы, сложившиеся в Москве в результате глубоких идейных сдвигов и работы зодчих различных художественных направлений».
Чудовский собор явился образцом для многих русских построек XVI в. Он был красив и внутри – над алтарным престолом обращала на себя внимание резная деревянная позолоченная сень. Это чудесное произведение – «рукоделье раба Божия Петра Ремизова» – датировалось 1641 г.
В Чудовом монастыре находились и другие церкви: так, почти через 100 лет после кончины святого Алексия в основанном им монастыре возвели церковь, освященную во имя его, а строителем был архимандрит Геннадий, который очень почитал святого Алексия. Однажды «вниде ему в ум» почтить святого, и вскоре, около 1485 г., была построена Алексеевская церковь, в которую и были тогда перенесены мощи святого Алексия. В 1680 г. вместо этой церкви архимандрит Адриан, последний перед введением синодального управления всероссийский патриарх, заложил две новые церкви под одной кровлей, одна – во имя святого Алексия, а другая – во имя Благовещения Богородицы. Они соединялись аркой, под которой в серебряной раке покоились мощи святого Алексия, рядом лежал посох его, а за стеклом на стене находилось одеяние. Около Алексеевского храма в 1686 г. построили еще один – Андреевский, возможно по случаю умиротворения Стрелецкого бунта, когда патриарх вынес часть святых мощей апостола Андрея и призвал собравшихся бунтовщиков покориться, что они сделали, поцеловав святыню. Этот храм был, может быть, единственным в России, куда не разрешалось входить женщинам, – прежде в Чудовом монастыре было много монашествующих, все они во время богослужений заполняли церковь, и во избежание совращения неустойчивых к соблазну монахов вход женскому полу был строго воспрещен. Это запрещение по традиции оставалось в силе и до последних дней существования монастыря.