Возведение кремлевского каменного храма – пример невиданного еще строительства в далеком и окраинном городе Северо-Восточной Руси, которое должно было свидетельствовать о богатстве московского князя. Но он не только построил церковь, а «и сотвори ту монастырь, и сбра в он чръноризци, и возлюби его паче инех монастырей». Это был женский монастырь, основанный для супруги великого князя. По исследованиям историка К.А. Аверьянова, после огромного московского пожара 1365 г., в котором погорело множество зданий, и в том числе Спасский в Занеглименье, монахов этого монастыря перевели в Кремль, а монахинь поселили у села Семчинского в Алексеевском монастыре. С тех пор Спасский кремлевский монастырь стал мужским.
Монастырский собор был одним из самых уважаемых: там погребали великих княгинь. Первое погребение состоялось в 1332 г., когда скончалась жена князя Ивана Калиты Елена Ивановна. В 1345 г. здесь похоронили великую княгиню Анастасию, жену Симеона Гордого, незадолго перед тем затеявшую роспись собора: «…а мастера старшины и начялницы бысть России родом, а Гречистии ученицы: Гоитан, и Семен, и Иван, и прочие их ученицы и дружина», также и великую княгиню Александру, мать Дмитрия Донского, в 1364 г.; но в дальнейшем монастырь стал мужским. Так, под 1393 г. летописец отметил: «Иуля 29 преставися князь Иванъ, брат великого князя Васильевъ, и наречено бысть имя его в чернехъ Иоасаф, положенъ же бысть у Спаса въ притворе близ гроба бабы своея княгини Александры Ивановы». В 1396 г. записано известие о смерти епископа Стефана Пермского: «Toe же весны, апреля 26, преставися епископъ Пермьский Стефанъ и положенъ бысть на Москве въ монастыре у святаго Спаса, въ застенке (то есть в приделе. –
Как и все московские храмы, Спасский собор много раз горел и подвергался надругательствам ордынцев. Особенно губительным был разгром, учиненный Тохтамышем в 1382 г., когда он обманом взял Москву. Невозможно удержаться, чтобы не привести здесь печалование летописца: «И бяше тогда видети в граде плачь, и рыдание, и вопль мног, и слезы, и крик неутешаемый, и стонание многое, и печаль горкаа, и скорбь неутешимаа, беда нестерпимаа, нужа ужаснаа, и горесть смертнаа, страх, и ужас, и трепет…» Вся Москва лежала в дымящихся развалинах: «…церкви святыя запалены быша и падошася, а каменыя стоаша выгоревши внутри и сгоревша вне…»
Дмитрий Донской возобновил Спасский храм и завещал ежегодное пожертвование в пользу монастыря немалой по тому времени суммы – 15 рублей. Многие князья жаловали монастырь деревнями, землей и иными угодьями. Только Иван III, заботившийся о новом престиже своей власти, начав большую перестройку в Кремле, в начале 90-х гг. XV в. повелел вывести из него древний и уважаемый своими предками Спасский монастырь далеко за Яузу, на высокий и крутой берег Москвы-реки, где и был основан новый Спасский монастырь, а в Кремле осталась только церковь Спаса, ставшая дворцовой, великокняжеской.
Есть сообщение о том, что сын Ивана III великий князь Василий Иванович в 1527 г. построил новую церковь, но, как предполагал И.Е. Забелин, это известие может относиться лишь к возведению ее приделов, а сама же церковь осталась такой же маленькой, какой и была во времена Ивана Калиты. На это обратил внимание известный своим описанием путешествия антиохийского патриарха Макария в Россию Павел Алеппский.
С устройством новых церквей для великокняжеского двора, так называемых верховых, Спасский храм становится приходским для дворцовой прислуги: «…весь дворец, ключники, и стряпчие, и сытники, и приспешники, и повары тут приходят, и рано для их служба живет, чтоб отправясь шли, всяк на свой приспех, к Царьскому столу готовить».
В XVIII в. Спасский собор, как, впрочем, и весь Кремль, лишась бдительного ока царя, стал ветшать. Много раз собор осматривали архитекторы и неизменно доносили обо всех новых и новых ветхостях, которые надо было исправлять. Вот в 1730 г. сообщалось, что сквозь своды шла течь, черепица во многих местах обвалилась и все «поросло лесом, березы, осины и рябины». В 1760–1763 гг. старое и ветхое здание разобрали и под руководством М.Ф. Казакова сложили заново.
Так продолжалось до XIX в. В наполеоновское нашествие храм уцелел, хотя и был ограблен. Только в 1850–1860-х гг. храм отреставрировали по проекту известного тогда архитектора Ф.Ф. Рихтера и заново расписали.