В царствование Алексея Михайловича на Красной площади неоднократно происходили народные волнения. Правительство боярина Морозова, близкого к царю, ввело соляной налог, больнее всего ударивший по простому народу, и в июне 1648 г. разразился бунт, во время которого сожгли и разграбили дворы Морозова и его приближенных. Для того чтобы хоть как-то утихомирить разбушевавшиеся страсти, 3 июня к Лобному месту на площади к собравшемуся народу вышла представительная делегация во главе с патриархом. От нее потребовали выдать «головой» и Морозова, и пособников его. За Морозова вступился сам царь, а один из помощников Морозова, ненавистный глава Земского приказа Леонтий Плещеев, был прямо на площади буквально растерзан толпой. Впоследствии бунт удалось прекратить – выдали жалованье стрельцам, отправили Морозова в ссылку и удалили его пособников.
Еще раз увидела Красная площадь негодующую толпу через 14 лет, летом 1662 г.: разразился Медный бунт. За несколько лет до этого ввели медные деньги, которые имели хождение наравне с серебряными, но из-за огромного их выпуска и появления фальшивых монет они быстро обесценились – наступила страшная дороговизна на все, и в особенности на съестные припасы. В Москве, на Лубянке, появились «воровские» листы, в которых неизвестные авторы обвиняли влиятельных бояр и купцов. На Красной площади с утра 25 июля 1662 г. «внезапу возмутися народ; и яко волны морския волнующияся без ветров, тако и смущающияся человецы, шатающийся вне ума своего, наущением дияволским возмутиша народ». Собралось несколько тысяч человек, откуда часть их направилась в Коломенское требовать правды у царя Алексея Михайловича. Там с ними расправились с исключительной жестокостью верные царю войска.
Площадь была и местом городских казней. Как сообщала летопись, «царь Иван Васильевич казнил торговых людей на Пожаре и гостей многое множество». Их казнили у рва вдоль Кремлевской стены, и там же находились 14 небольших деревянных церквей «на мертвых, на костях и на крови убиенных» (эти церкви стояли и до Ивана Грозного и столь любимых им упражнений над людьми).
После страшного пожара 21 июня 1547 г. москвичи искали по всей Москве виновных, как думали они, бояр Глинских – ведь, как говорили сведущие люди, Анна Глинская «з своими детьми и с людьми волхвовала: вымала человеческия, да клала в воду, да тою водою, ездячи по Москве, да кропила, и от того Москва выгорела». Ее сына, князя Юрия Глинского, толпа нашла в Успенском соборе и, несмотря на то что там шла служба, убила его прямо в соборе, выволокла труп на Красную площадь и, «положиша перед торгом, идеже казнят».
Около Лобного места 6 июня 1671 г. четвертовали главу казацкого и крестьянского бунта Степана Разина – положили между двумя досками, отрубили сначала руки, потом ноги и потом уже голову…
На Красной площади в 1682 г. казнили старообрядца Никиту Добрынина, по прозванию Пустосвят, суздальского попа, характера дерзкого и задорного, выступавшего против нововведений Никона, – точно такого, каким его изобразил художник В.Г. Перов на большом историческом полотне 1881 г. «Спор о вере», хранящемся в Третьяковской галерее. Никита вместе с товарищами добился публичного диспута: «…приходил в Грановитую палату и при благоверных государынях царевнах, и при великом господине святейшем Иоакиме патриархе московском и всеа Русии и при властях… говорил поносные слова, чего и в мысль взять нельзя, и называл еритиком великого государя царя и великого князя Алексея Михайловича всеа Великия и Малыя и Белыя Росии самодержца». После диспута Никита вышел на Красную площадь, победоносно возглашая: «Победихом, препрехом и посрамихом!» Раскол распространился и в среде недовольных стрельцов, и Никита выступил их идейным руководителем. Но правительство нейтрализовало стрельцов, а зачинщика смуты, неуступчивого попа Никиту, 11 июля 1682 г. казнили на площади – отсекли беспокойную его голову.