Уже в более поздние годы Сергей Павлович узнал, что именно делал в Ижевске, нередко выглядевший усталым, но не теряющий чувства юмора преподаватель Саверин. Когда агрессор выкатил на просторы нашей страны армады своих танков, у Красной армии поначалу не было по сути ничего, чтобы остановить эту бронированную машину, изрыгающую огонь. Вот тогда и появился в жизни Саверина блестящий эпизод – он был включён в группу создателей противотанковых ружей. В начале войны наша армия не имела в достаточном количестве средств борьбы с танками. «Коктейль Молотова» требовал броска с десяти метров, а ПТР били танки с двухсот метров – но на вооружении их было тогда очень мало.
Поэтому были приняты экстренные меры к массовому выпуску ПТР. Уже в 1942 году с подачи конструкторов и специалистов было выпущено и отправлено на передовую почти двести тысяч ПТР, что в одиннадцать раз больше, чем годом ранее. А вскоре, вспоминал Сергей Павлович о своём преподавателе, Саверин включился в работу по модернизации знаменитой винтовки Мосина. Эта его работа была отмечена в 1943 году Сталинской премией.
О начале войны, нападении фашистской Германии на нашу страну студент третьего курса Сергей Непобедимый, как и большинство советских людей, узнал из первого сообщения по радио. Он вышел из общежития на сдачу последнего экзамена в текущую сессию и тут его окликнули, попросили срочно вернуться. Он вместе с другими студентами прослушал выступление по радио главы правительства В. М. Молотова – и не сразу взял в толк, что началась война. Это гигантское и трагическое событие просто не вмещалось в его понимание. В тот день он всё же пошёл на экзамен – это была теория резания. А наутро направился в райком партии, где принимали обращения о зачислении добровольцами в воинские соединения. Его заявление приняли, но просили дождаться решений высших инстанций.
Когда началось формирование московского народного ополчения, Сергей решил, что должен непременно попасть в его части. Он вновь пошёл в райком, но там ему объявили, что в отношении студентов будет особое решение. И оно через короткое время действительно было объявлено. В последний день июня был создан Госкомитет Обороны, которым были подготовлены директивы по вопросам пополнения бойцами Красной армии. В соответствии с ними из Бауманки были призваны в действующую армию только студенты первого и второго курса. Третьекурсники продолжали учиться, а студенты старших курсов направлялись на работу в промышленность, на замещение тех, кто с оружием в руках ушёл на войну.
Сергею, как и его однокурсникам, было предложено влиться в состав строительного батальона для ведения фортификационных работ в прифронтовой зоне. Почти три дня добирались три сотни студентов до места назначения в одном из районов Брянской области. Расположились недалеко от места впадения речки Снопоть в Десну, где под руководством военных возводили оборонительные сооружения. Рабочий день длился от рассвета до заката. Городили дерево-земляные огневые точки, зачищали всё вокруг от кустов, чтобы пространство простреливалось без помех. Порой в отдалении слышалась канонада – немцы упорно рвались к Москве. Сергей понимал, что подразумевалось за официальными военными сводками с мест ожесточённых боёв – наши части отступали перед отмобилизованными, отменно вооружёнными частями противника. И вполне допускал, что сложенные их руками дзоты в конечном счёте будут захвачены фашистами. Но он, как и все, кто работал не покладая рук рядом с ним, верил, что возведённые ими укрепления хоть ненадолго, но задержат напор сильного врага.
Без малого два месяца московские студенты работали на строительстве оборонительных сооружений. Оружия у них не было, но что такое война, им дали почувствовать лётчики люфтваффе, которые несколько раз совершали налёты на позиции строительного батальона. С неба падали авиабомбы, мессершмитты поливали всё вокруг пулемётным огнём. Сергей Павлович с печалью вспоминал, как он прижимался в окопе к земле, чтобы невзначай не поймать пулю или осколок. Их нестроевое подразделение хоть и не числилось за регулярной армией, но всё-таки понесло потери – за время работ от обстрелов и бомбёжек погиб один студент и несколько были ранены.
Лишь в первой половине сентября отряд вернулся в столицу. Сергея впечатлило, что в Москве почти не было видно следов авиационных налётов врага. Студенты ещё месяц пробыли в городе, пока не вышел приказ по институту о их эвакуации. И за это время несмотря на частые завывания сирен он нечасто видел в московском небе фашистских стервятников. Из чего он справедливо заключил, что противовоздушная оборона города была отлажена до высокого уровня.