О том, что на самом деле творилось у него на душе в мрачнейшие периоды 1938–1940 годов, когда все жизненные и политические обстоятельства вставали, казалось, против него, его новой музыки и старых друзей — успех «Александра Невского» и «Здравицы» мог только частично компенсировать затянувшуюся постановку «Ромео и Джульетты», «Семёна Котко», фактический запрет «Кантаты к ХХ-летию Октября», развал семьи, гибель Мейерхольда, — можно судить по первой части начатой в 1938 году, но остававшейся не отделанной до 1946 года новой сонаты для скрипки и фортепиано, фигурирующей в списке сочинений как Соната № 1 фа минор, соч. 80. Давид Ойстрах запомнил, как взволновала Мясковского сумеречная, сдавленно-трагедийная лирика в новом сочинении товарища. «Гениальная штука. Нет, да вы понимаете, что вы написали?» — повторял тот в присутствии Ойстраха Прокофьеву. Прокофьев прекрасно понимал, и, когда Ойстрах принялся за разучивание Сонаты, заметил скрипачу, что ближе к концу первой части «гаммаобразные пассажи» у скрипки, идущие на фоне русской по окраске просветлённо-скорбной темы у фортепиано, должны звучать «точно ветер на кладбище». Ветер, завевающий мёртвую листву и колеблющий заржавелые венки.
А написанная в 1942 году, леденящая в своей обыденности и неостановимой механичности сцена показательного расстрела «поджигателей» в опере «Война и мир», проходящая на фоне слов Пьера Безухова о том, что из него сейчас будто «выдернули ту пружину, на которой всё держалось», вызывала в памяти участь Мейерхольда и полное бессилие нашего героя при известии о его исчезновении. Но тогда, в 1938–1940 годах, Прокофьев вынужден был, сжав зубы, держать подлинные переживания глубоко внутри.
В самый последний момент, когда «Семён Котко» был уже готов к выпуску на сцену, возникли сложности, куда более серьёзные, чем «катастрофа» с заказавшим оперу Мейерхольдом: кардинальным образом переменилась геополитическая обстановка. После заключения между СССР с германским рейхом Пакта о ненападении каждая из сторон получила свободу действий в зоне собственных стратегических интересов. Германия, присоединив к себе Австрию, немецкоговорящие части Чехии и Польши, сосредоточилась на военном, политическом и экономическом разгроме Франции и Англии и их союзников, а Советский Союз приступил к решительным действиям в Восточной и Северной Европе. Ещё в сентябре 1939 года, когда немецкие армии подавляли сопротивление польских войск на западе и вокруг Варшавы, восточные земли тогдашней Польши были заняты Красной армией и административно присоединены к Украине и к Белоруссии.
Восстанавливались дореволюционные границы страны. Одновременно — на Западе — немецкие войска завершали разгром французской армии и отправленных на континент английских экспедиционных войск.
В этой ситуации опера, действие которой разворачивается на фоне немецкой интервенции на Украине, воспринималась как неуместный анахронизм. Да и сам Советский Союз больше не считал интервенцию злом и охотно вводил свои войска на вчера ещё суверенные территории. Карта Европы стремительно и до неузнаваемости менялась. Пришлось многое выправлять в тексте «Семёна Котко» — немцев сменили австрийцы (Австрия теперь была частью рейха), были убраны любые негативные упоминания об оккупации.
17 апреля 1940 года состоялся первый — закрытый — прогон оперы, после которого было устроено совещание, на котором об опере говорили главный цензор по музыкальному репертуару Бурмистренко (за несколько месяцев до того разрешивший исполнение «Александра Невского»), представитель Народного комиссариата иностранных дел (НКИД) Чиченовский, молодой Борис Покровский, заменившая Мейерхольда в режиссуре спектакля Бирман, некто Дальцев, сам композитор… Сюрреальная их беседа, зафиксированная стенографисткой, приводится ниже с сокращениями:
«БУРМИСТРЕНКО: На этом совещании мы должны обсудить спектакль и пьесу с точки зрения соответствия или противоречия принципу нашей современной политики.
Желательно, чтобы в полной мере были убраны все немецкие места. Видимо, из-за перемены текста товарищи недостаточно твёрдо усвоили новый текст и многие текст путают.
ПРОКОФЬЕВ: 3-й австриец — в сущности, не чистокровнsй австриец. Может принадлежать и к другой национальности — его можно одеть в какой-нибудь отличительный костюм.
ЧИЧЕНОВСКИЙ: Отвлекаясь от бесспорных достоинств постановки, от блестящей музыки, нужно констатировать, что вещь такого направления огня, т. е. явно против интервенции — эта вещь может вызвать не совсем выгодный для нас резонанс. Что нерв вещи здесь против интервенции — это очевидно. Мне бы казалось, что этот нерв должен быть вынут, так как этот нерв будет беспокоить зуб и будет угрожать его существованию.