Посмотрев фильм, Сталин, а он, искренне любя кино, смотрел все законченные советские фильмы, пришёл в ужас, особенно от цветомузыкального решения кульминационной сцены пира в Александровой слободе. Сталин понял её совершенно правильно. По словам присутствовавших, после просмотра он в разъярении кинул министру кинематографии Ивану Большакову: «Не фильм, а какой-то кошмар! У нас во время войны руки не доходили, а теперь мы возьмёмся за всех вас как следует». Уже 5 марта 1946 года Оргбюро ЦК В КП (б) приняло внутреннее решение ввиду «антиисторичности и антихудожественности» второй серии «воспретить выпуск фильма на экран». Прослышав о разразившейся катастрофе, кинорежиссёр, автор любимой вождём комедии «Волга-Волга» (вольной советской вариации на тему американской «Show Boat», что была выпущена в 1936 году на студии
Поостыв к концу лета, Сталин произнёс 9 августа 1946 года речь на специально собранном совещании Оргбюро ЦК ВКП(б) по вопросам кино. Главной мишенью было, как водится, нечто другое — вторая серия фильма Леонида Лукова о Донбассе «Большая жизнь», но задел-то Сталина больше всего «Иван Грозный». «Я не знаю, видел ли кто его, я смотрел, омерзительная штука! — обращался он к партийной верхушке и к приглашённым на заседание режиссёрам. — Человек совершенно отвлёкся от истории. Изобразил опричников, как последних паршивцев, дегенератов, что-то вроде американского ку-клукс-клана. <…> Иван Грозный — человек с волей, с характером, у него какой-то безвольный Гамлет. Это уже формалистика. Какое нам дело до формализма, вы нам дайте историческую правду. Изучение требует терпения. А у некоторых не хватает терпения и поэтому соединяют всё воедино и преподносят фильм: вот вам глотайте, тем более что на нём марка Эйзенштейна».
Опубликованное постановление Оргбюро ЦК ВКП(б) «О кинофильме «Большая жизнь» от 4 сентября 1946 года повторяло сталинские формулировки — о «прогрессивном войске опричников», представленном «в виде шайки дегенератов, наподобие американского ку-клукс-клана», об Иване, кажущемся «чем-то вроде Гамлета». Косвенно это касалось и Прокофьева, хотя его имени в постановлении не упомянуто: это ведь под выразительнейшую прокофьевскую музыку Иван мечется между предлагаемыми ему покаянием и сатанинскими соблазнами безмерной власти, это ведь под неё беснуются в Александровой слободе Ивановы «кромешники».
Эйзенштейн запросил встречи со Сталиным, но и на встрече 26 февраля 1947 года, на которую были приглашены исполнитель роли Александра Невского и Ивана Грозного Николай Черкасов, а также Молотов со Ждановым, и на которой диктатор держался с кинорежиссёром почти дружески (в физическом уничтожении такого ценного кадра, как гениальный Эйзенштейн, он не был заинтересован), Сталин повторял всё те же формулировки: чтобы у Эйзенштейна не оставалось ни малейшего сомнения, чьё личное мнение выражает постановление ЦК. Откровенность дошла даже до того, что Сталин попенял кинорежиссёру на антизападную тенденцию фильма, проявляющуюся, по мнению диктатора, в господстве апокалипсической христианской образности. Ведь война Ивана в фильме двойная — с антихристианским в себе и вовне, и партитура Прокофьева всячески это подчёркивает. «Конечно, мы не очень хорошие христиане, — говорил вождь атеистического государства ещё недавно главному советскому кинорежиссёру, — но отрицать прогрессивную роль христианства на определённом этапе нельзя. Это событие имело очень крупное значение, потому что это был поворот русского государства на смыкание с Западом, а не ориентация на Восток». Планы у Сталина относительно Запада были другие. Часть «прогрессивных западных» стран должна была «воссоединиться» с СССР, часть надлежало сокрушить, и если потребуется, то военной силой. В душе он оставался настоящим большевиком, а значит, западником.
Договорились о частичной пересъёмке второй серии со включением в неё новых эпизодов и отснятого для третьей серии материала. Эйзенштейн даже составил план пересъёмок, но к работе не приступил. Ещё зимой 1946 года, находясь после инфаркта в больнице, сорокавосьмилетний Эйзенштейн говорил Прокофьеву: «Жизнь кончена, остался постскриптум». Больше к съёмкам фильмов он возвратиться не рассчитывал. Прокофьев уговаривал его, сразу по выходе из больницы, засесть хотя бы за мемуары. Ведь именно так в 1945 году поступил он сам. Эйзенштейн, в конце концов, занялся мемуарами и доделкой большого труда по теории кино.