Проведя по окончании экзаменов лето в Ивановке, Рахманинов осенью, перед возвращением в консерваторию, проехал в Знаменское к бабушке Варваре Васильевне Рахманиновой. Последствия этой поездки были катастрофичны. Выкупавшись осенью в реке Матыр, Сергей Васильевич вскоре заболел. Вернувшись в Москву и поселившись вместе со своим консерваторским товарищем М.А. Слоновым, он сначала кое-как перемогался, но вскоре слег окончательно. А.И. Зилоти, узнав о его болезни, поднял тревогу, привез к нему хорошего доктора, который определил не малярию, как думали окружающие, а воспаление мозга. Все же, по всей вероятности, Рахманинов был болен перемежающейся лихорадкой. Так неоднократно говорили лечившие его потом врачи. Как бы то ни было, Рахманинов пролежал в постели полтора месяца.
Крепкий организм преодолел болезнь, но, выздоровев, Рахманинов был предоставлен самому себе и, не имея надлежащего ухода, вместо продолжительного отдыха, который советовал доктор, начал усиленно заниматься и сочинять, чтобы нагнать пропущенные занятия в консерватории и не терять года. По неоднократному свидетельству Сергея Васильевича, последствия болезни сказались в том, что он утратил частью ту необычайную легкость к сочинению, которая была ему до тех пор свойственна.
Оправившись окончательно от болезни только к Рождеству, Сергей Васильевич в конце зимы переехал на квартиру к своему отцу, который временно поселился в Москве около Петровского парка. Этой же зимой Сергей Васильевич дал с громадным успехом свой первый концерт в зале Вострякова. В концерте он исполнил, между прочим, первую часть упомянутого выше трио.
В марте 1892 года, за месяц до выпускного экзамена, ученикам была объявлена тема, выбранная для оканчивающих в этом году учеников по классу композиции (С.В. Рахманинов, Л.Э. Конюс и Н.С. Морозов). Им предложили сочинить одноактную оперу «Алеко» на либретто, составленное Вл. И. Немировичем-Данченко по поэме Пушкина «Цыганы». Возбуждение и радость, охватившие молодого композитора, были огромны. Ему неудержимо захотелось тут же, безотлагательно приступить к работе. Он помчался домой, но здесь его ждал жестокий удар. У отца Сергея Васильевича, где он жил, в это время были гости, и о сочинении нечего было и думать. Это препятствие так подействовало на композитора, что он, бросившись на свою постель, заплакал. Нечего и говорить, что отец, узнав, в чем дело, тут же выпроводил своих гостей, и Сергей Васильевич мог немедленно приступить к работе. Быстрота, с которой была написана опера, поразительна. Она была закончена в семнадцать дней – музыки в ней на час исполнения. Ко времени подачи ее в экзаменационную комиссию партитура оперы была тщательно переписана и даже переплетена (в темно-малиновый переплет с золотым тиснением). Об этом стоит упомянуть, так как обычно экзаменационные работы представлялись в неоконченном виде.
Слухи о таком быстром окончании работы, конечно, проникли в музыкальные круги Москвы. Экзамен ожидался многими с громадным нетерпением. Никто, вероятно, не сомневался в том, что опера будет одобрена комиссией, но блестящая оценка ее превзошла, кажется, все ожидания. Прослушав оперу, исполненную Сергеем Васильевичем на фортепиано, и познакомившись с партитурой, члены комиссии во главе с Аренским, Танеевым и Альтани (дирижер оперы в Большом театре) тут же горячо поздравили Сергея Васильевича с блестящим окончанием консерватории, а совет консерватории присудил ему Большую золотую медаль. Со времени учреждения консерватории такая награда по классу композиции присуждалась только третий раз (до Сергея Васильевича ее получили Танеев и Корещенко). Но едва ли не самым радостным событием этого дня для Сергея Васильевича было его полное примирение со Зверевым, который после экзамена подошел к нему и, обняв и поцеловав его, снял с себя золотые часы и подарил их Сергею Васильевичу в знак примирения. С часами этими Рахманинов не расставался до конца жизни и всегда носил их. Только когда у него не хватало денег на жизнь, он временами закладывал их, но при первой же получке денег немедленно выкупал эти часы. Отношения Сергея Васильевича и Зверева до самой смерти последнего оставались хорошими.