Помимо наместников, властные полномочия в отношении ряда территорий Вологодского уезда имели и должностные лица дворцовой администрации, причём их представительство тоже нередко было двойным. Два дворцовых дьяка –
Григорий Захарьин сын Микулина и Обрюта Михайлов сын Мишурина – известны в 1530 г. в качестве послухов на земельном обмене Кириллова монастыря в вол. Тошне. Агенты низового аппарата Дворца могли действовать согласованно с выборными представителями города, и прерогативы их выходили за пределы собственно Вологды. Вологодский дворский Иосиф Иванов совместно с городским сотским М. И. Дюдковым и земским дьяком Т. Белевановым фигурируют в одной купчей грамоте Спасо-Прилуцкого монастыря 1531/32 г. На основе подробного изучения указных грамот сотским В. А. Кучкин отметил, что власть городских сотских могла распространяться и на население ближайшей к городу сельской округи.При Василии III в системе общегосударственного управления заметно возрастает значение института дворецких
, среди которых различались так называемые большие (Приказа Большого дворца) и областные (территориальных дворцов – Новгородского, Тверского, Дмитровского, Угличского, Рязанского). Два последних дворецких – угличский и рязанский – по местническому счёту своих судей были значительно скромнее двух первых. Частота упоминания и больших, и областных дворецких в актовом материале по Вологде объясняется плотной насыщенностью и Белозерья, и Вологодчины дворцовым землевладением, а также сравнительно неплохой сохранностью, как считает М. М. Кром, архивов вологодских монастырей. Наряду с контролем над дворцовыми землями и живущим на них населением (как специализированным – сокольниками, бобровниками, бортниками, так и крестьянским), дворецкие могли исполнять некоторые общегосударственные функции. Они выдавали грамоты монастырям, что ставило церковно-монастырское землевладение под контроль государства. Полномочия дворецкого боярина Василия Андреевича Челяднина по его грамотам Спасо-Прилуцкому монастырю известны с 1509/10 г. Его финансовые прерогативы отразились в оброчной грамоте 1512 г. на мельничное место на посаде «по конец Еремеевской слободки» (здесь была церковь во имя пророка Иеремии).Указание на то, что Вологда была «в приказе у дворецкого», впервые встречается в жалованной несудимой грамоте Василия III игумену Александро-Куштского монастыря Даниилу от 2 февраля 1508 г., хотя имени самого дворецкого в ней нет. Территориально действие документа распространялось на «Закуштскую волость» – небольшое пространство к востоку от Кубенского озера. В отношении остальных заозерских волостей о власти дворецких в 1510–1520-х гг. говорить не приходится: грамоту Спасо-Рабангскому монастырю 1484 г. в феврале 1509 г. подписал дьяк Лука Семёнов, и никакой дворецкий распоряжения об этом не давал. При подписаниях её в 1534 и 1551 гг. дворецкие также не отмечены.
В 1525 г. грамоту Спасо-Прилуцкому монастырю приказал выдать дворецкий Иван Фёдорович Палецкий, и документ этот привлекался учёными к исследованию вопроса об областных дворцах. А. А. Зимин на его основании считал, что в 1525 г. был создан Рязанский дворец, М. М. Кром – что в это время имела место кратковременная попытка организации особого областного дворца для управления вологодскими землями, однако в дальнейшем дворцовые земли и их население на Вологде были подчинены Рязанскому дворцу. О подведомственности дворецкому ближайшей к Вологде волости Сямы ретроспективно указывает жалованная тарханно-несудимая грамота первого Самозванца от 12 сентября 1605 г. Сямскому Богородице-Рождественскому монастырю, упоминающая некую «старую жалованную грамоту». В ней был отмечен суд дворецкого
над игуменом, старцами и слугами этой обители. Поскольку монастырь возник в Сямской волости недалеко от Вологды не ранее 1524 г. на месте явления чудотворной иконы Богородицы, то и жалованная грамота Василия III, содержащая указание на судебные полномочия дворецкого, может быть отнесена ко времени не ранее 1524 г. С. М. Каштанов датирует её 1524–1533 гг. на основании общей жалованной грамоты царя Михаила Фёдоровича Сямскому монастырю 12 мая 1624 г.В феврале 1534 г. грамота Александро-Куштского монастыря 1508 г. была подтверждена на имя игумена Логина за подписью дьяка Фёдора Мишурина и по приказу дворецкого кн. Семёна Дмитриевича Оболенского. А в июле 1539 г. по приказу рязанского дворецкого
Ивана Михайловича Юрьева была выдана жалованная несудимая и заповедная грамота Арсению Сахарусову на порубежные земли Вологодского (волость Лежский Волок) и Галицкого уездов.