В мае 1612 г. кн. Д. М. Пожарский писал из Москвы белозерскому воеводе С. Н. Чепчугову о необходимости обновления крепости:
После разгрома польско-литовского войска гетмана Хоткевича под Москвой 20–24 августа 1612 г. разрозненные отряды, включавшие также черкас, казаков и русских воров, дошли до Вологды и взяли её «изгоном и пришед посады пожгли и людей посекли». Был убит один из воевод – Григ. Долгоруков (второй – кн. Ив. Одоевский – находился в уезде) и государев дьяк И. З. Карташов. Архиепископа Сильвестра захватили в плен и четыре дня «приводили к казни» (требуя с него, видимо, денег и драгоценностей). Был замучен преп. Галактион Вологодский, происходивший из княжеского рода Бельских. Это печальное событие, помимо прочего, самую роковую роль сыграло в судьбе вологодских архивов и уже современниками было названо «Вологодским разорением» 22–25 сентября 1612 г. В грамоте воевод кн. Д. Т. Трубецкого и кн. Д. М. Пожарского из Москвы в Соль Вычегодскую от 11 ноября 1612 г. о нём говорилось, что
В отличие от Вологды Устюг в зиму 1613 г. не был взят поляко-литовцами: здесь умелую оборону организовали воеводы М. А. Нагого и Г. Г. Пушкин вместе с городским советом. Таким образом, удалось отбить все штурмы неприятеля, а затем перейти к его преследованию и разгрому в волости Кичменге, когда в плен попало 200 чел. поляко-литовцев.
Вологжане участвовали в освобождении Москвы от поляков и получили земельные пожалования «за подмосковные службы 120–121 гг.». Например, вологодские помещики Г. А. Хвалеевский, кн. И. В. Дябринский участвовали в боях с войсками гетмана П. П. Хоткевича в августе 1612 г. и получили прибавки к своим прежним денежным окладам. В конце октября – начале ноября 1612 г. в своих отписках из Москвы на Белоозеро воеводы кн. Д. Т. Трубецкой и кн. Д. М. Пожарский сообщали, что
Представители от Вологды поставили свои подписи на приговоре всей земли 30 июня 1611 г. В апреле 1612 г. из Ярославля в Новгород было отправлено посольство, в состав которого входили и вологжане. В мае 1612 г. из Белоозера в Ярославль «для земского совету» были присланы 1 протопоп, 2 посадских человека и 1 государственный крестьянин. 19 ноября 1612 г. белозерский воевода С. Н. Чепчугов и дьяк Б. Ильин получили от кн. Трубецкого и кн. Пожарского грамоту о посылке выборных на избирательный земский собор в Москву. На грамоте ростовского митрополита Кирилла от 25 февраля 1613 г. о соборном избрании Михаила Фёдоровича имеются подписи архимандрита Спасо-Каменного монастыря Питирима, двух игуменов – Корнильева (Симеона), Николо-Озерского (Филарета) монастырей, посадского человека с Вологды (Т. Несеянцова) и с Устюжны (И. Отрепьева) «с товарищи».